ID | 12655 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Gtf2a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000033543 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | general transcription factor II A, 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Tfiia2, 12kDa, TfIIg | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.952) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL00711 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 69919832-69930148 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 69922658 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Asparagine to Isoleucine at position 13 (N13I) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000113109 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000116552] [ENSMUST00000118198] [ENSMUST00000119413] [ENSMUST00000119905] [ENSMUST00000122087] [ENSMUST00000140305] [ENSMUST00000140265] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q80ZM7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000116552 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.198 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112251 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000118198 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.889 (Sensitivity: 0.82; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113501 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000119413 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.889 (Sensitivity: 0.82; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113697 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000119905 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.029 (Sensitivity: 0.95; Specificity: 0.82) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113061 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000122087 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.981 (Sensitivity: 0.75; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113109 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126120 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000131078 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000140305 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.016 (Sensitivity: 0.95; Specificity: 0.79) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116962 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000140265 AA Change: N13I PolyPhen 2 Score 0.137 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.86) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121840 Gene: ENSMUSG00000033543 AA Change: N13I
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000148889 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135593 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000141894 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000133881 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000148239 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000145816 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Accurate transcription initiation on TATA-containing class II genes involves the ordered assembly of RNA polymerase II (POLR2A; MIM 180660) and the general initiation factors TFIIA, TFIIB (MIM 189963), TFIID (MIM 313650), TFIIE (MIM 189962), TFIIF (MIM 189968), TFIIG/TFIIJ, and TFIIH (MIM 189972). The first step involves recognition of the TATA element by the TATA-binding subunit (TBP; MIM 600075) and may be regulated by TFIIA, a factor that interacts with both TBP and a TBP-associated factor (TAF; MIM 600475) in TFIID. TFIIA has 2 subunits (43 and 12 kD) in yeast and 3 subunits in higher eukaryotes. In HeLa extracts, it consists of a 35-kD alpha subunit and a 19-kD beta subunit encoded by the N- and C-terminal regions of GTF2A1 (MIM 600520), respectively, and a 12-kD gamma subunit encoded by GTF2A2 (DeJong et al., 1995 [PubMed 7724559]).[supplied by OMIM, Mar 2008] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Gtf2a2 |
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Posted On | 2012-12-06 |