ID | 245453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Hoxa2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000014704 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | homeobox A2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Hox-1.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R2315 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 52139397-52141811 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | unclassified | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 52139871 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000140776 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000000964] [ENSMUST00000014848] [ENSMUST00000120363] [ENSMUST00000128102] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P31245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000000964 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000000964 Gene: ENSMUSG00000029844
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000014848 AA Change: Y372H |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000014848 Gene: ENSMUSG00000014704 AA Change: Y372H
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000120363 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000128102 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129546 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132559 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000184778 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000184680 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000189230 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159006 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000184649 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000183920 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000155922 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: This gene is located in a cluster of developmentally and temporally regulated genes on chromosome 6 encoding proteins involved in pattern formation. These proteins contain a characteristic DNA-binding motif called a homeodomain and function in transcriptional regulation. There are four distinct clusters of related genes on chromosomes 2, 6, 11, and 15. The protein encoded by this gene is expressed in rhombomere 2 and is important for hindbrain formation in the early embryo. [provided by RefSeq, Mar 2013] PHENOTYPE: Mutant homozygotes lack skeletal elements normally derived from the second branchial arch and show duplication of elements derived from the first branchial arch, such as ossification centers of the middle ear. Mutants die perinatally with cleft palate. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Hoxa2 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- ACGCCAACATAATTTGCAAGAG -3' (R):5'- AAACAATGACAGTCCCGAGG -3' Sequencing Primer (F):5'- GCAAGAGATGGCTTTAAAACTGTGTC -3' (R):5'- ATGACAGTCCCGAGGCCATC -3' |
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Posted On | 2014-10-30 |