ID | 246817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Shox2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000027833 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | SHOX homeobox 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Og12x, Prx3, 6330543G17Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 040336-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R2354 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 107 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 66879060-66889104 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 66888822 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Threonine at position 23 (I23T) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000029422 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000029422] [ENSMUST00000046542] [ENSMUST00000065047] [ENSMUST00000065074] [ENSMUST00000160504] [ENSMUST00000161726] [ENSMUST00000162036] [ENSMUST00000162693] [ENSMUST00000162060] [ENSMUST00000162362] [ENSMUST00000162439] [ENSMUST00000195261] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P70390 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000029422 AA Change: I23T PolyPhen 2 Score 0.944 (Sensitivity: 0.80; Specificity: 0.95) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000029422 Gene: ENSMUSG00000027833 AA Change: I23T
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000046542 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000047077 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000065047 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000066967 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000065074 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000066797 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160504 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124925 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161726 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124347 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162036 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125468 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000162620 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162693 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125547 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162060 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125031 Gene: ENSMUSG00000027833
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162362 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123699 Gene: ENSMUSG00000034544
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162098 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123838 Gene: ENSMUSG00000027833
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000162439 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124924 Gene: ENSMUSG00000027833
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000195261 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141625 Gene: ENSMUSG00000027833
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Meta Mutation Damage Score | 0.1796 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 97% (34/35) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene is a member of the homeobox family of genes that encode proteins containing a 60-amino acid residue motif that represents a DNA binding domain. Homeobox genes have been characterized extensively as transcriptional regulators involved in pattern formation in both invertebrate and vertebrate species. Several human genetic disorders are caused by aberrations in human homeobox genes. This locus represents a pseudoautosomal homeobox gene that is thought to be responsible for idiopathic short stature, and it is implicated in the short stature phenotype of Turner syndrome patients. This gene is considered to be a candidate gene for Cornelia de Lange syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2009] PHENOTYPE: Homozygous null mice display incomplete penetrance of embryonic lethality during organogenesis and incomplete clefting of the anterior part of the palate. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Shox2 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- ATCCCGGTATCTCCCAAAGC -3' (R):5'- CTGCCCCATTGATGTGTTATTATTG -3' Sequencing Primer (F):5'- ATGTCCAGCTCCCGGAC -3' (R):5'- TTATTGGGGGGGCTGGAGCAGTAAA -3' |
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Posted On | 2014-10-30 |