ID | 252 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Adgrg1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000031785 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | adhesion G protein-coupled receptor G1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Cyt28, Gpr56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.169) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | D4043 (G3) of strain 483 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 95701379-95740845 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site (2 bp from exon) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 95731857 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Homozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000148304 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000093271] [ENSMUST00000179619] [ENSMUST00000211944] [ENSMUST00000211984] [ENSMUST00000212976] [ENSMUST00000212141] [ENSMUST00000212660] [ENSMUST00000212956] [ENSMUST00000212118] [ENSMUST00000212995] [ENSMUST00000212799] [ENSMUST00000212581] [ENSMUST00000212531] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8K209 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000093271 AA Change: V168A PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000090959 Gene: ENSMUSG00000031785 AA Change: V168A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000179619 AA Change: V168A PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000137520 Gene: ENSMUSG00000031785 AA Change: V168A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000211806 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000211850 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000211911 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000211944 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000211984 AA Change: V168A PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212976 AA Change: V173A PolyPhen 2 Score 0.001 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.15) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212141 AA Change: V168A PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212660 AA Change: V168A PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212956 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000212118 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212995 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212799 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212581 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000212531 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.9755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 88% (220/249) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a member of the G protein-coupled receptor family and regulates brain cortical patterning. The encoded protein binds specifically to transglutaminase 2, a component of tissue and tumor stroma implicated as an inhibitor of tumor progression. Mutations in this gene are associated with a brain malformation known as bilateral frontoparietal polymicrogyria. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2014] PHENOTYPE: Mice homozygous for a null allele exhibit neuronal ectopias in the frontoparietal cortex due to disruptions in the pial basement membrane. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Adgrg1 |
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Nature of Mutation |
DNA sequencing using the SOLiD technique identified a T to C transition at position 569 of the Gpr56 transcript in exon 4 of 14 total exons. The mutated nucleotide causes a valine to alanine substitution at amino acid 168 of the encoded protein. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 1).
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Protein Function and Prediction |
The Gpr56 gene encodes a 687amino acid G-protein coupled receptor (GPCR) that may be involved in cell-cell interactions. All GPCRs are seven-pass membrane proteins and signal through heterotrimic G proteins. The extracellular N-terminal region (aa 26-402) contains a mucin-like domain and a cysteine box (Uniprot Q8K209). Mice homozygous for a null allele exhibit neuronal ectopias in the frontoparietal cortex due to disruptions in the pial basement membrane. Homozygous mutations in humans result in bilateral frontoparietal polymicrogyria (BFPP; OMIM 606854). All of the human missense mutations affected extracellular portions of the protein and were found mostly in the N-terminal region.
The V168A change is located in the N-terminal region of the protein, and is predicted to be benign by the PolyPhen program.
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Posted On | 2010-08-09 |