ID | 253328 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Ccdc28b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000028795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | coiled coil domain containing 28B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1110002E08Rik, 1810010N17Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 040406-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.115) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R2475 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 129513067-129517740 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 129514445 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000113036 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000030586] [ENSMUST00000046675] [ENSMUST00000106035] [ENSMUST00000121442] [ENSMUST00000137090] [ENSMUST00000151838] [ENSMUST00000174073] [ENSMUST00000150357] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8CEG5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000030586 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000030586 Gene: ENSMUSG00000028795
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000046675 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000040584 Gene: ENSMUSG00000040795
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000106035 AA Change: W186R PolyPhen 2 Score 0.042 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000101652 Gene: ENSMUSG00000028795 AA Change: W186R
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000121442 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113036 Gene: ENSMUSG00000040795
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000123943 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000124630 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126777 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000152290 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000146378 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000131559 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000141361 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000127029 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000152708 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000137090 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117568 Gene: ENSMUSG00000028797
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000151838 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122229 Gene: ENSMUSG00000028795
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000174073 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133325 Gene: ENSMUSG00000028797
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000150357 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118241 Gene: ENSMUSG00000028795
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Meta Mutation Damage Score | 0.9755 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 100% (32/32) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The product of this gene localizes to centrosomes and basal bodies. The protein colocalizes with several proteins associated with Bardet-Biedl syndrome (BBS) and participates in the regulation of cilia development. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2014] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Ccdc28b |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TGAATCCCTAAGGCCCCTTG -3' (R):5'- GAAGTTGGCCAGACTGCACTTC -3' Sequencing Primer (F):5'- GGAATTGCTAAGATCTTCCAGCTGTC -3' (R):5'- AGACTGCACTTCAGCCTGGATG -3' |
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Posted On | 2014-12-04 |