ID | 257576 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Rbfox2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000033565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | RNA binding protein, fox-1 homolog (C. elegans) 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Rbm9, 2810460A15Rik, Fxh, Fbm2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 040534-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Possibly essential (E-score: 0.580) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R3013 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 76963190-77191204 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 77017120 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Threonine to Alanine at position 17 (T17A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000154209 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000048145] [ENSMUST00000111581] [ENSMUST00000166610] [ENSMUST00000171751] [ENSMUST00000227314] [ENSMUST00000227533] [ENSMUST00000227930] [ENSMUST00000228558] [ENSMUST00000228582] [ENSMUST00000228087] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BP71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000048145 AA Change: T85A PolyPhen 2 Score 0.909 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000048056 Gene: ENSMUSG00000033565 AA Change: T85A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000111581 AA Change: T17A PolyPhen 2 Score 0.032 (Sensitivity: 0.95; Specificity: 0.82) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000129372 Gene: ENSMUSG00000033565 AA Change: T17A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000166610 AA Change: T17A PolyPhen 2 Score 0.024 (Sensitivity: 0.95; Specificity: 0.81) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130673 Gene: ENSMUSG00000033565 AA Change: T17A
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000171751 AA Change: T85A PolyPhen 2 Score 0.909 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130739 Gene: ENSMUSG00000033565 AA Change: T85A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000226877 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000227314 AA Change: T17A PolyPhen 2 Score 0.009 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.77) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000228361 AA Change: T30A PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000227533 AA Change: T17A PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000227930 AA Change: T17A PolyPhen 2 Score 0.991 (Sensitivity: 0.71; Specificity: 0.97) |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000228558 AA Change: T39A PolyPhen 2 Score 0.966 (Sensitivity: 0.77; Specificity: 0.95) |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000228582 AA Change: T68A PolyPhen 2 Score 0.980 (Sensitivity: 0.75; Specificity: 0.96) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000228087 AA Change: T17A PolyPhen 2 Score 0.037 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.82) |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000228190 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.1006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 97% (32/33) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene is one of several human genes similar to the C. elegans gene Fox-1. This gene encodes an RNA binding protein that is thought to be a key regulator of alternative exon splicing in the nervous system and other cell types. The protein binds to a conserved UGCAUG element found downstream of many alternatively spliced exons and promotes inclusion of the alternative exon in mature transcripts. The protein also interacts with the estrogen receptor 1 transcription factor and regulates estrogen receptor 1 transcriptional activity. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Mice homozygous for a conditional allele activated in the brain exhibit normal spontaneous and kainic acid-induced seizures. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Rbfox2 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- CTCTGTTCTCCATGAGGCTG -3' (R):5'- AGGCAGAGCACCAAATGATTTG -3' Sequencing Primer (F):5'- GTTCTCCATGAGGCTGCGTAC -3' (R):5'- CCAAATCTGAGTTTGATCCCAGGG -3' |
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Posted On | 2015-01-11 |