ID | 285953 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Syne4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000019737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | spectrin repeat containing, nuclear envelope family member 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 0610012K07Rik, AI428936, nesprin-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.109) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL02237 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 30014268-30018471 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to A at 30015988 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000135895 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000054594] [ENSMUST00000060834] [ENSMUST00000098586] [ENSMUST00000136887] [ENSMUST00000176304] [ENSMUST00000176304] [ENSMUST00000176504] [ENSMUST00000176504] [ENSMUST00000137550] [ENSMUST00000177078] [ENSMUST00000177078] [ENSMUST00000176789] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8CII8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000054594 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000055874 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000060834 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000051515 Gene: ENSMUSG00000042831
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000098586 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000096185 Gene: ENSMUSG00000074211
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132193 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135319 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135882 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000136887 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121953 Gene: ENSMUSG00000042831
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000176304 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135637 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000176304 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135637 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000176504 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135844 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000176504 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135844 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176006 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176253 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176071 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175902 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000144951 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000148858 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000137870 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000143369 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175672 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176536 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000137550 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176232 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000177078 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135895 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000177078 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135895 Gene: ENSMUSG00000019737
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176984 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000177395 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176965 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176987 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000176789 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000176571 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000177257 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene is a member of the nesprin family of genes, that encode KASH (Klarsicht, Anc-1, Syne Homology) domain-containing proteins. In addition to the KASH domain, this protein also contains a coiled-coil and leucine zipper region, a spectrin repeat, and a kinesin-1 binding region. This protein localizes to the outer nuclear membrane, and is part of the linker of nucleoskeleton and cytoskeleton (LINC) complex in the nuclear envelope. LINC complexes are formed by SUN (Sad1, UNC-84)-KASH pairs, and are thought to mechanically couple nuclear components to the cytoskeleton. Mutations in this gene have been associated with progressive high-frequency hearing loss. The absence of this protein in mice also caused hearing loss, and changes in hair cell morphology in the ears. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2015] PHENOTYPE: Mice homozygous for a knock-out allele exhibit hearing loss associated with outer hair cell degeneration. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Syne4 |
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Posted On | 2015-04-16 |