ID | 362682 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Nsmf | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000006476 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | NMDA receptor synaptonuclear signaling and neuronal migration factor | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Nelf, Jacob | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Non essential (E-score: 0.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL02877 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 24944370-24952893 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 24945968 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Phenylalanine at position 152 (I152F) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000141583 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000006646] [ENSMUST00000045295] [ENSMUST00000074422] [ENSMUST00000100334] [ENSMUST00000102931] [ENSMUST00000114386] [ENSMUST00000114388] [ENSMUST00000144520] [ENSMUST00000116574] [ENSMUST00000132172] [ENSMUST00000140737] [ENSMUST00000137913] [ENSMUST00000152122] [ENSMUST00000155601] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q99NF2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000006646 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.162 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000006646 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000045295 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000044078 Gene: ENSMUSG00000036833
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000074422 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.162 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000074022 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000100334 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.162 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000097908 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000102931 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.162 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000099995 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000114386 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.261 (Sensitivity: 0.91; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000110028 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000114388 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.442 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000110030 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000144520 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.466 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141583 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000116574 AA Change: I152F PolyPhen 2 Score 0.150 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112273 Gene: ENSMUSG00000006476 AA Change: I152F
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000128517 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000124309 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135328 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000138536 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132082 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000140733 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000141584 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000141866 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000132172 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116106 Gene: ENSMUSG00000006476
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000140737 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141410 Gene: ENSMUSG00000006476
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000134744 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120376 Gene: ENSMUSG00000006476
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000137913 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141577 Gene: ENSMUSG00000036833
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000152506 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175104 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000154359 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000184681 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000155909 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000152122 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121580 Gene: ENSMUSG00000006476
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000155601 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is involved in guidance of olfactory axon projections and migration of luteinizing hormone-releasing hormone neurons. Defects in this gene are a cause of idiopathic hypogonadotropic hypogonadism (IHH). Several transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2010] PHENOTYPE: Mice homozygous for a knock-out allele exhibit delayed sexual maturation in female mice with decreased uterus and ovary weights, reduced male and female fertility, and reduced gonadotrophs in female mice. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Nsmf |
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Posted On | 2015-12-18 |