ID | 518741 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Chmp2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000033916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | charged multivesicular body protein 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1500016L11Rik, chromatin modifying protein 2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 044573-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.971) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R6435 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225.009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 12765933-12768704 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | nonsense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 12766701 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Tyrosine to Stop codon at position 72 (Y72*) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000148218 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000005705] [ENSMUST00000005711] [ENSMUST00000005714] [ENSMUST00000165394] [ENSMUST00000125964] [ENSMUST00000210587] [ENSMUST00000211626] [ENSMUST00000211369] [ENSMUST00000211344] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9DB34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000005705 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000005705 Gene: ENSMUSG00000005566
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000005711 AA Change: Y72* |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000005711 Gene: ENSMUSG00000033916 AA Change: Y72*
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000005714 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000005714 Gene: ENSMUSG00000005575
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000123541 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120234 Gene: ENSMUSG00000005575
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000123603 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000123778 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000125136 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000165394 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000132604 Gene: ENSMUSG00000005575
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000138357 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000128951 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129122 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000142421 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000125964 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122638 Gene: ENSMUSG00000005575
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000131837 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000148354 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000156389 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117123 Gene: ENSMUSG00000005575
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126827 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000149061 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000210587 AA Change: Y72* |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000209577 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000211626 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000211369 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000211344 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000209487 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.9755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 100% (32/32) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] CHMP2A belongs to the chromatin-modifying protein/charged multivesicular body protein (CHMP) family. These proteins are components of ESCRT-III (endosomal sorting complex required for transport III), a complex involved in degradation of surface receptor proteins and formation of endocytic multivesicular bodies (MVBs). Some CHMPs have both nuclear and cytoplasmic/vesicular distributions, and one such CHMP, CHMP1A (MIM 164010), is required for both MVB formation and regulation of cell cycle progression (Tsang et al., 2006 [PubMed 16730941]).[supplied by OMIM, Mar 2008] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Chmp2a |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- CCTGCTTGAAGGTCAATGGG -3' (R):5'- TGCCTATAGTCCCCTCATTAAGG -3' Sequencing Primer (F):5'- CTTGAAGGTCAATGGGGATGG -3' (R):5'- CCTCATTAAGGGAGGTTTGAGGC -3' |
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Posted On | 2018-05-24 |