ID | 519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Gm20518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000092470 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | predicted gene 20518 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Not available | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | G4846 (G3) of strain Worker | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 17653141-17709535 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 17654509 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Homozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000115071 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000012152] [ENSMUST00000066127] [ENSMUST00000117082] [ENSMUST00000117945] [ENSMUST00000118960] [ENSMUST00000150068] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | no structure available at present | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000012152 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000012152 Gene: ENSMUSG00000003166
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000066127 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000064603 Gene: ENSMUSG00000003166
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000117082 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113506 Gene: ENSMUSG00000003166
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000117945 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112783 Gene: ENSMUSG00000003166
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000118960 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113400 Gene: ENSMUSG00000090236
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135229 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000150068 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115071 Gene: ENSMUSG00000092470
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231865 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232516 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231909 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232529 |
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Coding Region Coverage |
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Het Detection Efficiency | 29.1% | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validation Efficiency | 90% (104/115) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Gm20518 |
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Nature of Mutation |
DNA sequencing using the SOLiD technique identified a T to A transversion at base pair 17836738 in the Genbank genomic region NC_000082 for the Car15 gene on chromosome 16 (TATCCCCTAG-> AATCCCCTAG). The mutation is located within intron 4 from the ATG exon, ten nucleotides to the next exon. The Car15 transcript contains 8 total exons. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 1).
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Protein Function and Prediction | The Car15 gene encodes a 324 amino acid protein with evidence at the transcript level. The protein belongs to the alpha-carbonic anhydrase family. It is involved in the reversible hydration of carbon dioxide by removing a water molecule from carbonic acid. CAR15 may be secreted. Zinc binding residues are located at amino acids 122, 124, and 147 (Uniprot Q99N23). |
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Posted On | 2010-11-02 |