ID | 582 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Rab30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000030643 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | RAB30, member RAS oncogene family | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 5033421K01Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.189) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | F5426 (G1) of strain 24G1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 92390845-92493743 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 92478876 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Threonine at position 107 (I107T) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000146581 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000032879] [ENSMUST00000107179] [ENSMUST00000107180] [ENSMUST00000208945] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q923S9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000032879 AA Change: I107T PolyPhen 2 Score 0.922 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000032879 Gene: ENSMUSG00000030643 AA Change: I107T
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000107179 AA Change: I79T PolyPhen 2 Score 0.821 (Sensitivity: 0.84; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000102797 Gene: ENSMUSG00000030643 AA Change: I79T
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000107180 AA Change: I107T PolyPhen 2 Score 0.922 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000102798 Gene: ENSMUSG00000030643 AA Change: I107T
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000208470 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000208945 AA Change: I107T PolyPhen 2 Score 0.954 (Sensitivity: 0.79; Specificity: 0.95) |
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Meta Mutation Damage Score | 0.5915 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Het Detection Efficiency | 35.2% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validation Efficiency | 91% (29/32) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Rab30 |
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Nature of Mutation | DNA sequencing using the SOLiD technique identified a T to C transition at position 457 of the Rab30 transcript in exon 4 of 5 exons using Genbank record NM_029494.2. Three transcripts of the Rab30 gene are displayed on Ensembl and Vega. The mutated nucleotide causes an isoleucine to threonine substitution at amino acid 107 of the encoded protein. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 1). |
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Protein Function and Prediction | The Rab30 gene encodes a 203 amino acid small GTP-binding protein of the RAB family. The protein is likely involved in protein transport. GTP-binding occurs at residues 16-23, 64-68, and 122-125 (Uniprot Q923S9). Human Rab30 was cloned from melanocytes. |
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Posted On | 2011-03-09 |