ID | 624 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Srek1ip1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000021716 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | splicing regulatory glutamine/lysine-rich protein 1interacting protein 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Sfrs12ip1, 3110031B13Rik, Srsf12ip1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.232) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | B6584 (G3) of strain supermodel | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 13 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 104953696-104975805 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 104953882 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000122592 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000022228] [ENSMUST00000022230] [ENSMUST00000154165] [ENSMUST00000156105] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q4V9W2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000022228 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000022228 Gene: ENSMUSG00000021715
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000022230 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000022230 Gene: ENSMUSG00000021716
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000145661 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000154165 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119076 Gene: ENSMUSG00000021715
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000156105 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122592 Gene: ENSMUSG00000021716
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Coding Region Coverage |
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Het Detection Efficiency | 43.9% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validation Efficiency | 89% (133/150) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Srek1ip1 |
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Nature of Mutation | DNA sequencing using the SOLiD technique identified a T to C transition at base pair 105607454 in the Genbank genomic region NC_000079 for the Srek1ip1 gene on chromosome 13 (GTGAAGGTCA ->GTGAAGGCCA). Multiple transcripts of the Srek1ip1 gene are displayed on Ensembl and Vega. The mutation is located within intron 1 from the ATG exon, four nucleotides from the previous exon. The Srek1ip1 gene contains 5 total exons using Genbank record NM_026075.2. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 1). |
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Protein Function and Prediction | The Srek1ip1 gene encodes a 153 amino acid possible splicing regulator involved in the control of cellular survival. The protein contains a CCHC-type zinc finger at residues 13-30 (Uniprot Q4V9W2). |
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Posted On | 2011-04-13 |