ID | 631 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tars2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000028107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | threonyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial (putative) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Tarsl1, 2610024N01Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.968) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | B6584 (G3) of strain supermodel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 95647286-95663677 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 95649462 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Homozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000114747 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000029752] [ENSMUST00000029753] [ENSMUST00000074339] [ENSMUST00000098857] [ENSMUST00000117507] [ENSMUST00000123143] [ENSMUST00000128885] [ENSMUST00000199464] [ENSMUST00000163530] [ENSMUST00000153026] [ENSMUST00000196077] [ENSMUST00000147217] [ENSMUST00000137912] [ENSMUST00000131376] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q3UQ84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000029752 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000029752 Gene: ENSMUSG00000028107
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000029753 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000029753 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000074339 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000073946 Gene: ENSMUSG00000028107
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000098857 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000096456 Gene: ENSMUSG00000028107
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000117507 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112665 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000123143 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120300 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000128885 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120820 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000199464 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143328 Gene: ENSMUSG00000028107
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000163530 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130269 Gene: ENSMUSG00000028107
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000199869 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000155815 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000197389 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000200376 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000153026 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114747 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000196077 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143722 Gene: ENSMUSG00000028107
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000147217 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115524 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000137912 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122243 Gene: ENSMUSG00000028108
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000131376 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114659 Gene: ENSMUSG00000028108
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Coding Region Coverage |
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Het Detection Efficiency | 43.9% | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Validation Efficiency | 89% (133/150) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a member of the class-II aminoacyl-tRNA synthetase family. The encoded protein is a mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetase. Alternative splicing results in multiple transcript variants. A related pseudogene has been identified on chromosome 4. [provided by RefSeq, Dec 2012] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tars2 |
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Nature of Mutation | DNA sequencing using the SOLiD technique identified an A to G transition at base pair 95546073 in the Genbank genomic region NC_000079 for the Tars2 gene on chromosome 13 (CTGCCAACAG ->CTGCCAGCAG). Multiple transcripts of the Tars2 gene are displayed on Ensembl. The mutation is located within intron 1 from the ATG exon, four nucleotides to the next exon. The Tars2 gene contains 18 total exons using Genbank record NM_027931.3. The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method (Figure 1). |
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Protein Function and Prediction | The Tars2 gene encodes multiple isoforms of the mitochondrial threonyl-tRNA synthetase. Isoform 1 contains 723 residues. TARS2 is a member of the class II aminoacyl-tRNA synthetase (ARS) protein family. Aminoacyl-tRNA synthetases catalyze the specific attachment of each of the 20 amino acids (aa) to a cognate transfer RNA (tRNA) (Uniprot Q3UQ84). |
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Posted On | 2011-04-13 |