ID | 7604 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Rnaseh2a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000052926 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ribonuclease H2, large subunit | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 2400006P09Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 038269-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.968) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | P0016 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 85683239-85694498 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | C to G at 85686429 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Aspartic acid to Histidine at position 206 (D206H) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000120374 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000065049] [ENSMUST00000067472] [ENSMUST00000109736] [ENSMUST00000109738] [ENSMUST00000109740] [ENSMUST00000121880] [ENSMUST00000128972] [ENSMUST00000147812] [ENSMUST00000152378] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9CWY8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000065049 AA Change: D206H PolyPhen 2 Score 0.787 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000066769 Gene: ENSMUSG00000052926 AA Change: D206H
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000067472 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000070558 Gene: ENSMUSG00000048617
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000109736 AA Change: D206H PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000105358 Gene: ENSMUSG00000052926 AA Change: D206H
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000109738 AA Change: D206H PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000105360 Gene: ENSMUSG00000052926 AA Change: D206H
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000109740 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000105362 Gene: ENSMUSG00000048617
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000121880 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113982 Gene: ENSMUSG00000048617
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000122931 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000128972 AA Change: D206H PolyPhen 2 Score 0.587 (Sensitivity: 0.87; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121864 Gene: ENSMUSG00000052926 AA Change: D206H
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000147812 AA Change: D206H PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120374 Gene: ENSMUSG00000052926 AA Change: D206H
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126029 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000152378 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000132841 Gene: ENSMUSG00000048617
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Meta Mutation Damage Score | 0.2077 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 96% (97/101) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a component of the heterotrimeric type II ribonuclease H enzyme (RNAseH2). RNAseH2 is the major source of ribonuclease H activity in mammalian cells and endonucleolytically cleaves ribonucleotides. It is predicted to remove Okazaki fragment RNA primers during lagging strand DNA synthesis and to excise single ribonucleotides from DNA-DNA duplexes. Mutations in this gene cause Aicardi-Goutieres Syndrome (AGS), a an autosomal recessive neurological disorder characterized by progressive microcephaly and psychomotor retardation, intracranial calcifications, elevated levels of interferon-alpha and white blood cells in the cerebrospinal fluid.[provided by RefSeq, Aug 2009] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Rnaseh2a |
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Protein Function and Prediction | RNase H2 is an enzyme that hydrolyzes the RNA strand from RNA/DNA hybrids during DNA replication, transcription, and telomere elongation (1). RNase H2 also can cleave the 5′-phosphodiester bond of one or more ribonucleotides embedded in a DNA duplex (2). RNaseH2a is one of three subunits within the eukaryotic RNase H2 complex (3). |
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Background | Mutations in RNASEH2A are linked to Aicardi-Goutieres syndrome (OMIM # 610333), an autosomal recessive encephalopathy characterized in its most severe form by cerebral atrophy, leukodystrophy, intracranial calcifications, chronic cerebrospinal fluid (CSF) lymphocytosis, increased CSF alpha-interferon, and negative serologic investigations for common prenatal infections (4). AGS is phenotypically similar to congenital viral brain infection (5). Severe neurologic dysfunction becomes clinically apparent in infancy, and manifests as progressive microcephaly, spasticity, dystonic posturing, profound psychomotor retardation, and often death in early childhood. Outside the nervous system, thrombocytopenia, hepatosplenomegaly, and elevated hepatic transaminases along with intermittent fever may also erroneously suggest an infective process (6). |
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References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Posted On | 2012-10-05 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writer | Anne Murray |