ID | 7605 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Gcdh | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000003809 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | glutaryl-Coenzyme A dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | D17825 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 038267-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Non essential (E-score: 0.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | P0014 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 85613022-85620550 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | critical splice donor site (2 bp from exon) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 85615154 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000105367 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000003907] [ENSMUST00000003922] [ENSMUST00000109745] [ENSMUST00000136026] [ENSMUST00000142748] [ENSMUST00000170296] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q60759 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000003907 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000003907 Gene: ENSMUSG00000003809
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000003922 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000109745 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000105367 Gene: ENSMUSG00000003809
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000128023 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000136026 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122159 Gene: ENSMUSG00000003824
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000136462 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000139180 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000144466 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000142748 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116584 Gene: ENSMUSG00000003809
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000170296 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000131438 Gene: ENSMUSG00000003824
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Meta Mutation Damage Score | 0.9494 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 95% (100/105) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene belongs to the acyl-CoA dehydrogenase family. It catalyzes the oxidative decarboxylation of glutaryl-CoA to crotonyl-CoA and CO(2) in the degradative pathway of L-lysine, L-hydroxylysine, and L-tryptophan metabolism. It uses electron transfer flavoprotein as its electron acceptor. The enzyme exists in the mitochondrial matrix as a homotetramer of 45-kD subunits. Mutations in this gene result in the metabolic disorder glutaric aciduria type 1, which is also known as glutaric acidemia type I. Alternative splicing of this gene results in multiple transcript variants. A related pseudogene has been identified on chromosome 12. [provided by RefSeq, Mar 2013] PHENOTYPE: Homozygotes for a targeted null mutation exhibit a mild motor deficit associated with a diffuse spongiform myelinopathy and elevated levels of glutaric acid and 3-hydroxyglutaric acid. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Gcdh |
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Protein Function and Prediction | Glutaryl-CoA dehydrogenase (Gcdh) is an acyl dehydrogenase involved in the metabolism of lysine, hydroxylysine, and tryptophan (OMIM *608801). |
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Expression/Localization | Gcdh is a homotetramer in the mitochondrial matrix (1). In the mouse brain, Gcdh is restricted to neurons (2). |
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Background | Mutations in GCDH can cause glutaricaciduria, type I (OMIM #231670), an autosomal recessive metabolic disorder characterized by gliosis and neuronal loss in the basal ganglia and a progressive movement disorder that usually begins during the first year of life (3;4). Patients have increased concentrations of glutaric acid (GA), 3-hydroxyglutaric acid (3HGA), glutaconic acid and glutarylcarnitine in the body fluids and tissues. Gcdhtm1Dmk/tm1Dmk; MGI: 2182942 involves: 129S4/SvJae * C57BL/6J Homozygous animals have difficulty righting themselves when placed on their backs and impaired motor coordination (5). These mice also have elevated glutaric acid levels and elevated 3-OH gluatric acid levels in the urine, enlarged kidney, and spongiform myelinopathy (5). Gcdh-deficient mice have an age-dependent susceptibility to encephalopathy; weaned mice have neuronal damage after exposure to dietary protein with enlarged mitochondria and neurofilament disorganization (2). Limiting brain lysine uptake and decreasing brain lysine catabolism increased survival and decreased injury to the brain (2). Gcdhtm1Dmk/tm1Dmk; MGI: 2182942 129SvEv background Creatinine kinase activity is inhibited in brain and skeletal muscle of lysine-treated mice; Na+, K+-ATPase activity was also inhibited in the brain (6). There are no significant changes in creatinine kinase and Na+, K+-ATPase activity in homozygous animals fed with normal chow (6). Na+, K+-ATPase activity and expression in the cerebral cortex of homozygous animals was observed (7). |
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References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Posted On | 2012-10-05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writer | Anne Murray |