ID | 81929 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Stra6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000032327 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | stimulated by retinoic acid gene 6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039046-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.068) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R0879 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 57971071-58061279 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | critical splice donor site (2 bp from exon) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 58042487 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000130232 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000034880] [ENSMUST00000085677] [ENSMUST00000085677] [ENSMUST00000128021] [ENSMUST00000128021] [ENSMUST00000128378] [ENSMUST00000128378] [ENSMUST00000133287] [ENSMUST00000133287] [ENSMUST00000134450] [ENSMUST00000134450] [ENSMUST00000134955] [ENSMUST00000134955] [ENSMUST00000136154] [ENSMUST00000136154] [ENSMUST00000136338] [ENSMUST00000136338] [ENSMUST00000147134] [ENSMUST00000147134] [ENSMUST00000150820] [ENSMUST00000150820] [ENSMUST00000167479] [ENSMUST00000167479] [ENSMUST00000170397] [ENSMUST00000170397] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | no structure available at present | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000034880 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000034880 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000085677 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000082820 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000085677 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000082820 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000128021 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117832 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000128021 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117832 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000128378 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115511 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000128378 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115511 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000133287 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114346 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000133287 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114346 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000134450 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000134450 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000134955 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117280 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000134955 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117280 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000136154 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119062 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000136154 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119062 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000136338 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115314 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000136338 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115314 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000147134 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115315 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000147134 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115315 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000150820 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122373 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000150820 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122373 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000167479 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000128417 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000167479 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000128417 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000170397 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130232 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000170397 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130232 Gene: ENSMUSG00000032327
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000145886 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.9482 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 100% (41/41) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a membrane protein involved in the metabolism of retinol. The encoded protein acts as a receptor for retinol/retinol binding protein complexes. This protein removes the retinol from the complex and transports it across the cell membrane. Defects in this gene are a cause of syndromic microphthalmia type 9 (MCOPS9). Several transcript variants encoding a few different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2008] PHENOTYPE: Male mice homozygous for a gene trap allele exhibit growth retardation. Mice homozygous for a knock-out allele exhibit persistent hyperplastic primary vitreous, shorter inner and outer segment and reduced rod and cone function. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Stra6 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TCAAGAGAAGACTCCTGTCTGCCC -3' (R):5'- TGACTCTCCCATGCCTGTAAAGCC -3' Sequencing Primer (F):5'- AAATGttcctttgtttcttcttcttc -3' (R):5'- aagaactgttgtccccagg -3' |
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Posted On | 2013-11-08 |