ID | 89273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Top3b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000022779 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | topoisomerase (DNA) III beta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Topo III beta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.248) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL01512 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 16688600-16710854 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 16709286 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Threonine at position 68 (I68T) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000023465] [ENSMUST00000119787] [ENSMUST00000232581] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9Z321 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000023465 AA Change: I658T PolyPhen 2 Score 0.667 (Sensitivity: 0.86; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000023465 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: I658T
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000119787 AA Change: I658T PolyPhen 2 Score 0.667 (Sensitivity: 0.86; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112913 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: I658T
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000124185 AA Change: I68T PolyPhen 2 Score 0.740 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.92) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117491 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: I68T
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000128407 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000128497 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129969 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135597 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000156951 AA Change: I452T PolyPhen 2 Score 0.111 (Sensitivity: 0.93; Specificity: 0.86) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115214 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: I452T
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000151271 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000150424 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000147531 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232117 AA Change: I452T PolyPhen 2 Score 0.178 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000231966 AA Change: I68T PolyPhen 2 Score 0.740 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.92) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000232581 AA Change: I658T PolyPhen 2 Score 0.667 (Sensitivity: 0.86; Specificity: 0.91) |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232523 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231402 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231834 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232656 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231278 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232153 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231432 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a DNA topoisomerase, an enzyme that controls and alters the topologic states of DNA during transcription. This enzyme catalyzes the transient breaking and rejoining of a single strand of DNA which allows the strands to pass through one another, thus relaxing the supercoils and altering the topology of DNA. The enzyme interacts with DNA helicase SGS1 and plays a role in DNA recombination, cellular aging and maintenance of genome stability. Low expression of this gene may be related to higher survival rates in breast cancer patients. This gene has a pseudogene on chromosome 22. Alternate splicing results in multiple transcript variants. Additional alternatively spliced transcript variants of this gene have been described, but their full-length nature is not known. [provided by RefSeq, Aug 2013] PHENOTYPE: Homozygous null mice develop to maturity but die prematurely showing enlargement of lymphatic organs and glomerulonephritis. Intercrossing of mutant mice progressively results in infertility that is correlated to increased aneuploidy in germ cells. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Top3b |
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Posted On | 2013-12-03 |