ID | 9040 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Arhgef9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000025656 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | CDC42 guanine nucleotide exchange factor 9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | collybistin, 9630036L12Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.212) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL00690 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | X | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 94092541-94240462 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | C to T at 94125285 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Cysteine to Tyrosine at position 177 (C177Y) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000142905 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000113873] [ENSMUST00000113876] [ENSMUST00000113878] [ENSMUST00000113882] [ENSMUST00000113883] [ENSMUST00000113884] [ENSMUST00000113885] [ENSMUST00000128565] [ENSMUST00000181987] [ENSMUST00000197206] [ENSMUST00000200628] [ENSMUST00000197364] [ENSMUST00000198753] [ENSMUST00000199920] [ENSMUST00000182001] [ENSMUST00000196354] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q3UTH8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113873 AA Change: C96Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109505 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C96Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113876 AA Change: C177Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109508 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C177Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113878 AA Change: C198Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109510 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C198Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113882 AA Change: C198Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109514 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C198Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113883 AA Change: C198Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109515 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C198Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113884 AA Change: C205Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109516 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C205Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000113885 AA Change: C198Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000109517 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C198Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000128565 AA Change: C145Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138258 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C145Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000181987 AA Change: C205Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138461 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C205Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000197206 AA Change: C145Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142769 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C145Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000200628 AA Change: C177Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142905 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C177Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000197364 AA Change: C205Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142615 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C205Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000198753 AA Change: C138Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142911 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C138Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000199920 AA Change: C177Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143779 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C177Y
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000182001 AA Change: C177Y PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138668 Gene: ENSMUSG00000025656 AA Change: C177Y
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000196354 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143086 Gene: ENSMUSG00000025656
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a Rho-like GTPase that switches between the active (GTP-bound) state and inactive (GDP-bound) state to regulate CDC42 and other genes. Defects in this gene are a cause of startle disease with epilepsy (STHEE), also known as hyperekplexia with epilepsy. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Mar 2010] PHENOTYPE: Male mice hemizygous for a null allele exhibit impaired spatial learning, increased anxiety-associated behaviors, and altered central nervous system synaptic transmission. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Arhgef9 |
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Posted On | 2012-12-06 |