ID | 98477 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Vps37a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000031600 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | vacuolar protein sorting 37A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 4930592A21Rik, D8Ertd531e, 2210018P21Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039179-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Possibly non essential (E-score: 0.353) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R1106 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 135 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 40964824-41003798 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to A at 40965247 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Asparagine at position 33 (I33N) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000096415 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000034012] [ENSMUST00000098817] [ENSMUST00000128166] [ENSMUST00000132032] [ENSMUST00000149992] [ENSMUST00000135269] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8CHS8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000034012 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000034012 Gene: ENSMUSG00000031601
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000098817 AA Change: I33N PolyPhen 2 Score 0.998 (Sensitivity: 0.27; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000096415 Gene: ENSMUSG00000031600 AA Change: I33N
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000128166 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123070 Gene: ENSMUSG00000039470
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000128237 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000132032 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122933 Gene: ENSMUSG00000031601
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132200 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132740 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000139558 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000146280 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000164934 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000144970 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000149992 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117304 Gene: ENSMUSG00000031601
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000135269 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119319 Gene: ENSMUSG00000031601
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene belongs to the VPS37 family, and encodes a component of the ESCRT-I (endosomal sorting complex required for transport I) protein complex, required for the sorting of ubiquitinated transmembrane proteins into internal vesicles of multivesicular bodies. Expression of this gene is downregulated in hepatocellular carcinoma, and mutations in this gene are associated with autosomal recessive spastic paraplegia-53. A related pseudogene has been identified on chromosome 5. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Dec 2012] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Vps37a |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- GCAGCAGGCCAGAACCTTGTAG -3' (R):5'- CTGGCAAGTCCTAAGTGTGGAGC -3' Sequencing Primer (F):5'- AGGATGAGCTGGCTCTTTCC -3' (R):5'- TTCGAAGGCAATGCTACAATCAG -3' |
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Posted On | 2014-01-05 |