Allele | macadamias2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 94,294,500 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | G ⇒ A (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Rorc | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | RAR-related orphan receptor gamma | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | Thor, RORgamma, thymus orphan receptor | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 94,280,101-94,305,583 bp (+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a DNA-binding transcription factor and is a member of the NR1 subfamily of nuclear hormone receptors. The specific functions of this protein are not known; however, studies of a similar gene in mice have shown that this gene may be essential for lymphoid organogenesis and may play an important regulatory role in thymopoiesis. In addition, studies in mice suggest that the protein encoded by this gene may inhibit the expression of Fas ligand and IL2. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Homozygotes for targeted null mutations exhibit lack of peripheral and mesenteric lymph nodes and Peyer's patches, reduced numbers of thymocytes, and increased apoptosis with loss of thymic expression of anti-apoptosic factor Bcl-xL. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | NCBI RefSeq: NM_011281, NM_001293734; MGI:104856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Limits of the Critical Region | 94372794 - 94398276 bp | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Cysteine changed to Tyrosine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000029795] [ENSMUSP00000143763] [ENSMUSP00000143610] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | no structure available at present | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000029795 Gene: ENSMUSG00000028150 AA Change: C48Y
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143763 Gene: ENSMUSG00000028150 AA Change: C27Y
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143610 Gene: ENSMUSG00000028150 AA Change: C33Y
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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Meta Mutation Damage Score | 0.9747 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Probably essential (E-score: 0.865) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All Mutations and Alleles(10) : Chemically induced (ENU)(2) Chemically induced (other) (1) Radiation induced(1) Targeted(6) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2019-09-04 9:43 PM by Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2016-03-04 11:30 PM by Jin Huk Choi | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2016-05-09 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The macadamias2 phenotype was identified among N-nitroso-N-ethylurea (ENU)-mutagenized G3 mice of the pedigree R4181, some of which showed an increase in the B to T cell ratio (Figure 1), an increased frequency of B1a cells (Figure 2), an increased frequency of B1b cells (Figure 3), a reduced frequency of B2 cells (Figure 4), a decrease in the CD4+ to CD8+ T cell ratio (Figure 5), a reduced frequency of CD4+ T cells (Figure 6), a reduced frequency of CD4+ T cells in CD3+ T cells (Figure 7), an increased frequency of effector memory CD4+ T cells in CD4+ T cells (Figure 8), increased CD44+ CD4+ mean fluorescence intensity (MFI; Figure 9), a reduced frequency of naïve CD8+ T cells in CD8+ T cells (Figure 10), an increased frequency of CD8+ T cells in CD3+ T cells (Figure 11), an increased frequency of effector memory CD8+ T cells in CD8+ T cells (Figure 12), increased CD44+ CD8 MFI (Figure 13), all in the peripheral blood. Some mice also exhibited increased IgD MFI on B cells (Figure 14) and an increase in the frequency of macrophages (Figure 15) in the peripheral blood. The T-dependent antibody responses to recombinant Semliki Forest virus (rSFV)-encoded β-galactosidase (rSFV-β-gal) (Figure 16) and ovalbumin administered with aluminum hydroxide (Figure 17) were also diminished. |
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Nature of Mutation |
Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 47 mutations. All of the above anomalies were linked by continuous variable mapping to a mutation in Rorc: a G to A transition at base pair 94,387,193 (v38) on chromosome 3, or base pair 14,479 in the GenBank genomic region NC_000069 encoding the Rorc gene. The strongest association was found with a recessive model of linkage to the normalized frequency of effector memory CD4 T cells in CD4 T cells, wherein two variant homozygotes departed phenotypically from 13 homozygous reference mice and 17 heterozygous mice with a P value of 1.328 x 10-11 (Figure 18). The mutation corresponds to residue 241 in the mRNA sequence NM_011281 within exon 3 of 11 total exons and residue x in the mRNA sequence NM_001293734 within exon 2 of 10 total exons.
Genomic numbering corresponds to NC_000069. The mutated nucleotide is indicated in red. The mutation results in a cysteine (C) to tyrosine (Y) substitution at position 48 (C48Y) in the RAR-related orphan receptor gamma (RORγ1) protein and a cysteine to tyrosine substitution at position 27 in the RORγt protein, and is strongly predicted by PolyPhen-2 to be damaging (score = 1.000). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
RAR-related orphan receptor gamma (RORγ) is a member of the RAR-related orphan nuclear hormone receptor transcription factor family. RORγ has an N-terminal domain (A/B region), a DNA-binding domain (DBD), a hinge domain, and a C-terminal ligand-binding domain (LBD) [Figure 19; reviewed in (1)]. Rorc generates two isoforms of RORγ, RORγ1 and RORγt (alternatively, RORγ2), by the use of alternative promoters and/or by alternative splicing of a common pre-mRNA (2;3). The RORγ isoforms have the same DBDs and LBDs, but RORγt lacks the N-terminal 24 amino acids of RORγ1 encoded by the first two exons of Rorc and has three alternative residues encoded by the first exon specific to RORγt [Figure 19; (2;3)]. The macadamias2 mutation results in substitution of C48 for a tyrosine in the RORγ1 isoform as well as a substitution of cysteine 27 for a tyrosine in the RORγt isoform. The mutated residue in both isoforms is within an undefined domain proceeding the DBD (SMART). Protein expression and localization of RORγmacadamias2 has not been examined. Please see the record for chestnut for more information about Rorc. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | RORγ has well documented functions including to negatively regulate CD4+CD8+ double positive (DP) thymocyte apoptosis to promote cell survival [(4;5); reviewed in (6)]. In addition, RORγ inhibits expression of Fas ligand (FasL) and interleukin-2 (IL-2), protecting hybridomas from TCR-induced apoptosis [(2;7); reviewed in (6)]. RORγt promotes TGF-β plus IL-6- or IL-21-induced TH17 differentiation and suppress TNF- and IL-1β-induced TH1 and TH2 differentiation (8-11). Rorc-/- mice do not have lymph nodes (both peripheral and mesenteric) as well as Peyer’s patches due to the absence of lymphoid tissue inducer (LTi) cells, which require RORγt for their generation and survival through the regulation of Bcl-xL (4;5;12;13). Studies have shown conflicting results on the splenic structure of Rorc-/- mice (MGI:2384142). Sun et al. reported no change in splenic structure (4), while Zhang et al. reported enlarged spleens due to an accumulation of conventional resting B cells; B lymphocyte development in the bone marrow and spleen in the Rorc-/- mice were normal and B cell levels in the blood were comparable to controls (13). Significant changes in the frequency of T and B cells were not observed in macadamias. However, the deficiency of the macadamias2 mice to mount a T-dependent antibody response to rSFV-β-gal indicates that RORγmacadamias2 has reduced and/or altered function compared to the wild-type protein. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer macadamias2_pcr_F: GTGTTGGAGCTCACTGAAGAAG macadamias2_pcr_R: CTCCAATTCATGTGCACTGGTC Sequencing Primer macadamias2_seq_F: GGCTCATGGTAGTGAAATC macadamias2_seq_R: CAATTCATGTGCACTGGTCTCAAG |
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Genotyping | PCR program 1) 94°C 2:00 The following sequence of 401 nucleotides is amplified (chromosome 3, + strand): 1 gtgttggagc tcactgaaga agtgggggga gcaccataca cctgcgtctg cagcccaggc Primer binding sites are underlined and the sequencing primers are highlighted; the mutated nucleotide is shown in red. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Peter Jurek | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Jin Huk Choi, James Butler, and Bruce Beutler |