Allele | Messi | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | nonsense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 46,693,989 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | T ⇒ A (forward strand) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Ticam2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | TIR domain containing adaptor molecule 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | TRAM, Tirp | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 46,691,298-46,707,600 bp (-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] TIRP is a Toll/interleukin-1 receptor (IL1R; MIM 147810) (TIR) domain-containing adaptor protein involved in Toll receptor signaling (see TLR4; MIM 603030).[supplied by OMIM, Apr 2004] PHENOTYPE: Homozygous inactivation of this gene affects TLR4-mediated immune responses. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Lysine changed to Stop codon | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000066239] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BJQ4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000066239 Gene: ENSMUSG00000056130 AA Change: K33*
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Meta Mutation Damage Score | 0.9652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Non Essential (E-score: 0.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Semidominant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All mutations/alleles(6) : Chemically induced(ENU)(1) Targeted(5) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Semidominant | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2017-09-08 7:35 PM by Diantha La Vine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2016-12-03 1:33 PM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2017-03-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The Messi phenotype was identified among ENU-mutagenized G3 mice of the pedigree R4928, some of which exhibited decreased TNFα secretion in response to the Toll-like receptor 4 (TLR4) ligand, LPS (Figure 1). |
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Nature of Mutation |
Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 122 mutations. Both of the above anomalies were linked by continuous variable mapping to a mutation in Ticam2: an A to T transversion at base pair 46,560,922 (v38) on chromosome 18, or base pair 13,612 in the GenBank genomic region NC_000084 encoding Ticam2. The strongest association was found with an additive model of linkage to the normalized TLR4 response to LPS, wherein four variant homozygotes and 10 heterozygotes departed phenotypically from six homozygous reference mice with a P value of 1.04 x 10-4 (Figure 2). The mutation corresponds to residue 573 in the mRNA sequence NM_173394 within exon 3 of 3 total exons.
The mutated nucleotide is indicated in red. The mutation results in substitution of lysine (K) 33 to a premature stop codon (K33*) in the TRAM protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
Ticam2 [Toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain-containing adaptor molecule-2; also TRAM (Trif-related adaptor molecule)] is a 232 amino acid protein adaptor in TLR4 signaling (Figure 3). TRAM contains a central Toll/IL-1 receptor (TIR) domain (amino acids 78-222), a conserved region of approximately 200 amino acids which mediates homo- and heterotypic protein interactions during signal transduction (1;2). The Messi mutation results in substitution of lysine (K) 33 to a premature stop codon (K33*); residue 33 is within an undefined N-terminal region of TRAM upstream of the TIR domain. For more information about Ticam2, please see the record for Branch. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | The twelve mouse TLRs and ten human TLRs recognize a wide range of structurally distinct molecules, and all signal through only four adaptor proteins known to date: MyD88, Tirap (Mal; see the record for torpid), TICAM-1 (TRIF) and TRAM (3). TLR signaling through these adaptors initiates a cascade of signaling events involving various kinases, adaptors and ubiquitin ligases, ultimately leading to transcriptional activation of cytokine [e.g., TNF-α, interleukin (IL)-1, IL-6] and other genes through the transcription factors NF-κB, AP-1, interferon responsive factor (IRF)-3, and IRF-7. TRAM activates NF-κB, IRF-3 and IRF-7 downstream of TLR4 (2;4). The diminished response to LPS indicates loss of TRAM function. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer Messi_pcr_F: TCGGTGTCATCTTCTGCATG Messi_pcr_R: TCTGGCAGCCTTTGTGAAGC Sequencing Primer Messi_seq_F: CTGCATGAAGTATCACAAATTTGAGG Messi_seq_R: CTAGATAAGTGCCCCCTTT |
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Genotyping | Genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the mutation. PCR Primers R49280122_PCR_F: 5’- TCGGTGTCATCTTCTGCATG-3’ R49280122_PCR_R: 5’- TCTGGCAGCCTTTGTGAAGC-3’ Sequencing Primers R49280122_SEQ_F: 5’- CTGCATGAAGTATCACAAATTTGAGG-3’ R49280122_SEQ_R: 5’- CTAGATAAGTGCCCCCTTT-3’ PCR program 1) 94°C 2:00 2) 94°C 0:30 3) 55°C 0:30 4) 72°C 1:00 5) repeat steps (2-4) 40X 6) 72°C 10:00 7) 4°C hold The following sequence of 531 nucleotides is amplified (NCBI RefSeq: NC_000084): 13247 tctg gcagcctttg 13261 tgaagctcaa aaaaaagtct gatagtttgg ttccttggtt ggctgccatt tctttatatt 13321 atggtctttt tgaggatttg ggggtttttc ttgggggggg gttgattgtt ttttgtttca 13381 gtttgaacaa aagttttttt tttttctttt aaatgctttg attgaacaaa taaaattctg 13441 ccttgaaatt ttccttttca gattgaaaag aaaaatactc aaataaagct ccctcgtctg 13501 ccccaccact ctgtcatggg tgttgggaag tctaaactag ataagtgccc cctttcttgg 13561 cataaaaaag acagtgtgga tgccgatcaa gacggccatg agtcagactc caagaattct 13621 gaggaagcct gcttgcgtgg ttttgtggag cagagcagtg gatcagagcc accaacagga 13681 gagcaggacc aacctgaggc aaagggggcg gggcctgagg agcaagatga agaagagttc 13741 ctcaaatttg tgatacttca tgcagaagat gacaccga Primer binding sites are underlined and the sequencing primer is highlighted; the mutated nucleotide is shown in red text (Chr. (+) = T>A; sense strand = A>T). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Katherine Timer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Cristhiaan D. Ochoa, Hexin Shi, Ying Wang, Xue Zhong, Lei Sun, Jianhui Wang, Braden Hayse, and Bruce Beutler |