Allele | grasshopper | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | start codon destroyed | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 19,087,921 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | A ⇒ G (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Rorb | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | RAR-related orphan receptor beta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | hstp, Rorbeta, RZR-beta, Nr1f2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 18,907,969-19,088,560 bp (-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: The protein encoded by this gene is a member of the NR1 subfamily of nuclear hormone receptors. It is a DNA-binding protein that can bind as a monomer or as a homodimer to hormone response elements upstream of several genes to enhance the expression of those genes. The encoded protein has been shown to interact with NM23-2, a nucleoside diphosphate kinase involved in organogenesis and differentiation, and to help regulate the expression of some genes involved in circadian rhythm. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014] PHENOTYPE: Mice homozygous for disruptions in this gene have impaired vision and a variety of behavioral abnormalities. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | NCBI RefSeq: NM_001043354.1 (isoform 1), NM_146095.3 (isoform 2); MGI: 1343464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Limits of the Critical Region | 1 - 38985058 bp | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Methionine changed to Threonine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | not available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8R1B8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000108451 Gene: ENSMUSG00000036192 AA Change: M1T
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Predicted Effect | probably null
PolyPhen 2 Score 0.448 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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Meta Mutation Damage Score | Not available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Non Essential (E-score: 0.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | 100% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All alleles(4) : Targeted, knock-out(1) Targeted, other(1) Gene trapped(1) Chemically induced(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Sperm, gDNA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | none | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2018-05-22 9:32 AM by Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2010-03-18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Mutations in This Stock |
Stock #: D3080 Run Code: Validation Efficiency: 141/173
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Phenotypic Description | The grasshopper phenotype, identified among ENU-mutagenized G3 mice, is characterized by an abnormal gait in which mutants lift their hind legs excessively high when walking. |
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Nature of Mutation | The grasshopper mutation was mapped to Chromosome 19, and DNA sequencing using the SOLiD technique identified a T to C transition at position 640 of the Rorb genomic DNA sequence (Genbank genomic region NC_000085). The mutation has been confirmed by DNA sequencing using the Sanger method. There are two Rorb isoforms that contain distinct first exons encoding the N-termini of the expressed proteins; they may arise from alternative promoter usage or exon splicing. The remaining nine C-terminal exons are identical between the two isoforms. The grasshopper mutation occurs in the start codon of exon 1 of Rorb isoform 1 (nucleotide 640), and is not predicted to affect isoform 2.
isoform 1:
639 ATGCGAGCACAAATTGAAGTG
1 -M--R--A--Q--I--E--V-
Please see the record for 4-limb clasper for more information about RORβ.
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Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Putative Mechanism | The grasshopper mutation is predicted to destroy the translation start codon of RORβ1, but leave RORβ2 completely unaffected. Thus, homozygous grasshopper mice are expected to be isoform 1-specific null mutants. RORβ1 and RORβ2 are reported to display differential tissue-specific expression patterns and response element specificity (1). These findings suggest non-redundant functions for these isoforms, but so far none have been reported. The grasshopper phenotype supports the hypothesis that in at least those functions required for the development of normal walking motions, RORβ2 is non-redundant with RORβ1. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers | Primers cannot be located by automatic search. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping | Grasshopper genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the single nucleotide transition.
Primers
grasshopper (F): 5’- CGACATCTGCCTAAAGGGATGCTTC -3’
grasshopper (R): 5’-AGAGACGCGCTTATAGACTGCTCC -3’
PCR program
1) 95°C 2:00
2) 95°C 0:30
3) 56°C 0:30
4) 72°C 1:00
5) repeat steps (2-4) 29X
6) 72°C 7:00
7) 4°C ∞
Primers for sequencing
grasshopper_seq(F): 5’- AAAGGGATGCTTCTCTCAGC -3’
grasshopper _seq(R): 5’- ACTTATGCCAGGGAGTTCAC -3’
The following sequence of 614 nucleotides (from Genbank genomic region NC_000085 for linear genomic sequence of Rorb, sense strand) is amplified:
494 cgacatc tgcctaaagg gatgcttctc tcagcggagc agctcttcgc
541 cgaccgcctt cttccctcgt gctgagcgga atttttgggt tctctggggt tcgggctggg
601 agcttcatga ctacgcggag caggacagcg gccacatcat gcgaggtaag cgagcccgcg
661 ggcgggcgcc cagagcagga caactctagc tagaccggga gctttggggg aggggagagc
721 tctcggccca agggaagaga gattggctac tcgaggctcc ccgagttcgg ttcgcaggtg
781 ggactgcaaa tggcctgggc ttggaaagtt gtgggaaggt gtggaaggct cggggatttt
841 ggcaggacgc tgaagggcgc attttttgga gaccaggaca gtgctaatcg cgcctcccag
901 ttctggattt gaatcttttc tgcgcgtcgc tctccggtgc gccacaggac acgggataga
961 gagcaggaag tcgggtgact ttgggtagaa gaggctggca gctcgcatcc cgccgtggtc
1021 gctagccata ggtgaactcc ctggcataag tggggatcac actggcccag gctgccagat
1081 gcaggagcag tctataagcg cgtctct
Primer binding sites are underlined; sequencing primer binding sites are highlighted in gray; the mutated T is indicated in red. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Eva Marie Y. Moresco | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Hua Huang, Carrie N. Arnold, Katharina Brandl, and Bruce Beutler |