Allele | splinter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | nonsense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 98,409,846 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | C ⇒ T (forward strand) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Fgf5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | fibroblast growth factor 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | Fgf-5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 98,402,108-98,424,892 bp (+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: This gene encodes a secreted protein that is a member of a family of heparin-binding growth factors. The encoded protein regulates cell proliferation, particularly the growth of hair follicles. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2013] PHENOTYPE: Mutations in this gene result in significantly longer pelage hair. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | Ncbi Refseq: NM_010203.5; NM_001277268.1; MGI: 95519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Arginine changed to Stop codon | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000031280] [ENSMUSP00000142420] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P15656 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000031280 Gene: ENSMUSG00000029337 AA Change: R132*
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142420 Gene: ENSMUSG00000029337
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Predicted Effect | probably benign | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Meta Mutation Damage Score | 0.9755 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Probably nonessential (E-score: 0.124) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All alleles(5) : Targeted(2) Spontaneous(2) Chemically induced(1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Live Mice | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 036924-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2016-12-08 2:04 PM by Anne Murray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2012-12-28 1:31 PM by Tiana Purrington | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2014-03-28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The splinter phenotype of abnormally long pelage hair was identified among G3 mice carrying homozygous ENU-induced mutations (Figure 1). Transmissibility of the phenotype was confirmed by phenotypic reoccurrence in siblings from the same parental breeding pair. |
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Nature of Mutation | Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 79 mutations. Three mice with the splinter phenotype were genotyped at the Fgf5 locus; the mutation in Fgf5 was presumed to be causative because the splinter phenotype mirrored the porcupine phenotype attributed to a mutation in Fgf5. Subsequent analysis of one additional affected mouse and nine unaffected mice supported a causal relationship between the mutation and the phenotype (LOD = 5.167). Capillary sequencing of the mutated gene identified a C to T transition at base pair 98261987 (v38) on chromosome 5 in the GenBank genomic region NC_000071 encoding Fgf5. The mutation corresponds to residue 394 in the mRNA sequence in exon 2 of 3 total exons.
The mutated nucleotide is indicated in red. The mutation results in a substitution of arginine (R) to a premature stop codon at residue 132, and may cause nonsense-mediated decay of the transcript. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
The splinter mutation creates a stop codon in place of arginine at position 132 of Fgf5 within the internal core region responsible for ligand-receptor specificity (Figure 2). Please see the record for porcupine for more information about Fgf5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | Similar to the porcupine mutant, the splinter mutation results in abnormally long hair. The role of FGF5 in the hair cycle has been documented to promote the transition from anagen VI to catagen (1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer splinter_pcr_F: ACACGTTGGAGGTCACAAAAGGTC splinter_pcr_R: AGAAATGCCCCTGCTTCCTCAAG |
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Genotyping | Splinter genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the single nucleotide change. The following primers are used for PCR amplification: Primers for PCR amplification Splinter(F): 5’- ACACGTTGGAGGTCACAAAAGGTC -3’ Splinter(R): 5’- AGAAATGCCCCTGCTTCCTCAAG -3’ Primers for sequencing Splinter_seq(F): 5’- AGGTCACAAAAGGTCATTATATGTTC -3’ PCR program 1) 94°C 2:00 2) 94°C 0:30 3) 57°C 0:30 4) 72°C 1:00 5) repeat steps (2-4) 29x 6) 72°C 7:00 7) 4°C ∞ The following sequence of 772 nucleotides (from Genbank genomic region NC_000071 for linear DNA sequence of Fgf5) is amplified: 7609 ac acgttggagg 7621 tcacaaaagg tcattatatg ttcttttatt taatctcagt agtaaggact gagaacagtt 7681 gacgtagtag acattgaatt cttcacagtt ctgtgtagaa gagtctgtgt tttattttgg 7741 gatttttttg tcatcctagg tattttggaa atatttgctg tgtctcaggg gattgtagga 7801 atacgaggag ttttcagcaa caaattttta gcgatgtcaa aaaaaggaaa actccatgca 7861 agtgtaagta gaaacccctt tgtgtttgtt gaaaagtgct ccaccggttg tgcgtctgta 7921 acaaagtgaa gagattgttt ttgaaatgag tggataagat agaccatttg cctaaggaac 7981 ttatttggtt tttttctggt aaaaatgata tgtatgtata accaattgtg aatctgtctg 8041 taagtcatta ttggaacatg tctttgtttt ggaaacaaat agaaccttca aggctgtaaa 8101 gggtaaatgc acttgtaaac agcctttgca aacggattgc cattgtgaga cttgtcacag 8161 gagtgagcta ttccgtggcc tcacataaac tttacatttg gtggcatgtg tgtttaatag 8221 acagaggggt tcttaattga ttttacagat tactcatgat attaatttga ggtctaagta 8281 atatatgttt ccatgtaagg aagtaaagga caaaagcgac acccgccaag cctctcacct 8341 cccagagaga aactgtgctt gaggaagcag gggcatttct Primer binding sites are underlined; sequencing primers are highlighted; the mutated nucleotide is highlighted in red. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Peter Jurek | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Tiana Purrington |