ID | 105760 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Top3b | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000022779 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | topoisomerase (DNA) III beta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Topo III beta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.224) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL01738 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 16688600-16710854 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to A at 16698468 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Valine to Methionine at position 104 (V104M) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000156132 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000023465] [ENSMUST00000119787] [ENSMUST00000124960] [ENSMUST00000156502] [ENSMUST00000139740] [ENSMUST00000232231] [ENSMUST00000232017] [ENSMUST00000232080] [ENSMUST00000232200] [ENSMUST00000231812] [ENSMUST00000232581] [ENSMUST00000232547] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9Z321 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000023465 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000023465 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: V104M
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000118424 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000119787 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112913 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: V104M
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000124960 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118897 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: V104M
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000125202 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135597 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000138618 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000156502 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115491 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: V104M
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000139740 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118398 Gene: ENSMUSG00000022779 AA Change: V104M
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000147531 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000150424 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232231 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232017 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232080 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232380 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231278 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232523 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000231576 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232200 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232117 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000231812 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232581 AA Change: V104M PolyPhen 2 Score 0.043 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.83) |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232656 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000232547 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000232531 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a DNA topoisomerase, an enzyme that controls and alters the topologic states of DNA during transcription. This enzyme catalyzes the transient breaking and rejoining of a single strand of DNA which allows the strands to pass through one another, thus relaxing the supercoils and altering the topology of DNA. The enzyme interacts with DNA helicase SGS1 and plays a role in DNA recombination, cellular aging and maintenance of genome stability. Low expression of this gene may be related to higher survival rates in breast cancer patients. This gene has a pseudogene on chromosome 22. Alternate splicing results in multiple transcript variants. Additional alternatively spliced transcript variants of this gene have been described, but their full-length nature is not known. [provided by RefSeq, Aug 2013] PHENOTYPE: Homozygous null mice develop to maturity but die prematurely showing enlargement of lymphatic organs and glomerulonephritis. Intercrossing of mutant mice progressively results in infertility that is correlated to increased aneuploidy in germ cells. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Top3b |
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Posted On | 2014-01-21 |