ID | 14408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tcirg1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000001750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | T cell, immune regulator 1, ATPase, H+ transporting, lysosomal V0 protein A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | OC-116, TIRC7, V-ATPase a3, ATP6a3, Atp6i | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.853) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL00488 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 3946050-3957133 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to G at 3949108 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Leucine at position 394 (I394L) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000120531 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000001801] [ENSMUST00000025760] [ENSMUST00000072055] [ENSMUST00000122885] [ENSMUST00000126070] [ENSMUST00000145791] [ENSMUST00000135070] [ENSMUST00000128694] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9JHF5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000001801 AA Change: I394L PolyPhen 2 Score 0.771 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.92) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000001801 Gene: ENSMUSG00000001750 AA Change: I394L
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000025760 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000025760 Gene: ENSMUSG00000024843
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000072055 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000071933 Gene: ENSMUSG00000024843
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000122885 AA Change: I49L PolyPhen 2 Score 0.844 (Sensitivity: 0.83; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114768 Gene: ENSMUSG00000001750 AA Change: I49L
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000125792 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000125859 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000126070 AA Change: I394L PolyPhen 2 Score 0.939 (Sensitivity: 0.80; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120531 Gene: ENSMUSG00000001750 AA Change: I394L
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000145791 AA Change: I394L PolyPhen 2 Score 0.771 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.92) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122474 Gene: ENSMUSG00000001750 AA Change: I394L
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Predicted Effect |
silent Transcript: ENSMUST00000132164 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120968 Gene: ENSMUSG00000001750
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000162688 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000126643 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000127308 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000131327 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000134698 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159824 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000135070 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121241 Gene: ENSMUSG00000001750
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000128694 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119919 Gene: ENSMUSG00000024843
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Through alternate splicing, this gene encodes two proteins with similarity to subunits of the vacuolar ATPase (V-ATPase) but the encoded proteins seem to have different functions. V-ATPase is a multisubunit enzyme that mediates acidification of eukaryotic intracellular organelles. V-ATPase dependent organelle acidification is necessary for such intracellular processes as protein sorting, zymogen activation, and receptor-mediated endocytosis. V-ATPase is comprised of a cytosolic V1 domain and a transmembrane V0 domain. Mutations in this gene are associated with infantile malignant osteopetrosis. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Homozygotes for mutant alleles exhibit severe osteopetrosis with increased bone density due to failure of secondary bone resorption. Mutants lack teeth and die around 30-40 days of age. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tcirg1 |
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Posted On | 2012-12-06 |