ID | 14444 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tgif1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000047407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | TGFB-induced factor homeobox 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Tgif | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Non essential (E-score: 0.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL00757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 71151200-71160527 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 71153235 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Tyrosine to Histidine at position 39 (Y39H) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000127139 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000059775] [ENSMUST00000118283] [ENSMUST00000127719] [ENSMUST00000134654] [ENSMUST00000166395] [ENSMUST00000135007] [ENSMUST00000186358] [ENSMUST00000172229] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P70284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000059775 AA Change: Y59H PolyPhen 2 Score 0.995 (Sensitivity: 0.68; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000060512 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y59H
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000118283 AA Change: Y39H PolyPhen 2 Score 0.995 (Sensitivity: 0.68; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113192 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y39H
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000125329 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000127719 AA Change: Y39H PolyPhen 2 Score 0.653 (Sensitivity: 0.87; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115375 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y39H
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132825 |
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000134654 AA Change: Y39H |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125247 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y39H
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000166395 AA Change: Y92H PolyPhen 2 Score 0.458 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130930 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y92H
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000135007 AA Change: Y39H PolyPhen 2 Score 0.180 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124168 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y39H
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000186358 AA Change: Y59H PolyPhen 2 Score 0.347 (Sensitivity: 0.90; Specificity: 0.89) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139438 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y59H
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000172229 AA Change: Y39H PolyPhen 2 Score 0.995 (Sensitivity: 0.68; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000127139 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y39H
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000156484 AA Change: Y29H |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124970 Gene: ENSMUSG00000047407 AA Change: Y29H
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000190687 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a member of the three-amino acid loop extension (TALE) superclass of atypical homeodomains. TALE homeobox proteins are highly conserved transcription regulators. This particular homeodomain binds to a previously characterized retinoid X receptor responsive element from the cellular retinol-binding protein II promoter. In addition to its role in inhibiting 9-cis-retinoic acid-dependent RXR alpha transcription activation of the retinoic acid responsive element, the protein is an active transcriptional co-repressor of SMAD2 and may participate in the transmission of nuclear signals during development and in the adult. Mutations in this gene are associated with holoprosencephaly type 4, which is a structural anomaly of the brain. Alternative splicing has been observed at this locus and multiple splice variants encoding distinct isoforms are described. [provided by RefSeq, Jul 2013] PHENOTYPE: Homozygous null mice display normal growth, behavior and fertility. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tgif1 |
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Posted On | 2012-12-06 |