ID | 157724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Polr1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000067148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | polymerase (RNA) I polypeptide C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 40kDa, Rpo1-1, RPA40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039388-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R1322 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 46554846-46558971 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 46555089 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Lysine to Arginine at position 327 (K327R) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000084252 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000087026] [ENSMUST00000087031] [ENSMUST00000095263] [ENSMUST00000123311] [ENSMUST00000124655] [ENSMUST00000173232] [ENSMUST00000173349] [ENSMUST00000142706] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P52432 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000087026 AA Change: K327R PolyPhen 2 Score 0.736 (Sensitivity: 0.85; Specificity: 0.92) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000084252 Gene: ENSMUSG00000067148 AA Change: K327R
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000087031 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000084257 Gene: ENSMUSG00000067150
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000095263 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000092897 Gene: ENSMUSG00000071074
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000123311 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115951 Gene: ENSMUSG00000071074
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000124126 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000124655 AA Change: K241R PolyPhen 2 Score 0.394 (Sensitivity: 0.90; Specificity: 0.89) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122026 Gene: ENSMUSG00000067148 AA Change: K241R
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000127378 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114937 Gene: ENSMUSG00000071074
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000152583 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000174392 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000151488 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000173232 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133597 Gene: ENSMUSG00000067148
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000173349 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133861 Gene: ENSMUSG00000067148
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000142706 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116998 Gene: ENSMUSG00000067148
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a subunit of both RNA polymerase I and RNA polymerase III complexes. The encoded protein is part of the Pol core element. Mutations in this gene have been associated with Treacher Collins syndrome (TCS) and hypomyelinating leukodystrophy 11. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jan 2016] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Polr1c |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- GCTGAGGCAAGGCTCATTACTAGAC -3' (R):5'- AGGGAAATCTTCCGGCATGAGAAAC -3' Sequencing Primer (F):5'- CCTTACAAAGGCAAAGGTGTCTG -3' (R):5'- TCTTCCGGCATGAGAAACTCAAG -3' |
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Posted On | 2014-02-18 |