ID | 188678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Nop56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000027405 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | NOP56 ribonucleoprotein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NOP56, 56kDa with KKE/D repeat, Nol5a, 2310044F10Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.964) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R1405 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 130116350-130121233 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 130119868 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Valine to Alanine at position 420 (V420A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000099487 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000028890] [ENSMUST00000028892] [ENSMUST00000103198] [ENSMUST00000159373] [ENSMUST00000136621] [ENSMUST00000184538] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9D6Z1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000028890 AA Change: V136A PolyPhen 2 Score 0.152 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000028890 Gene: ENSMUSG00000027405 AA Change: V136A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000028892 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000028892 Gene: ENSMUSG00000027406
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083338 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083353 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083355 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000103198 AA Change: V420A PolyPhen 2 Score 0.216 (Sensitivity: 0.91; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000099487 Gene: ENSMUSG00000027405 AA Change: V420A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000116960 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000159373 AA Change: V103A PolyPhen 2 Score 0.212 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124080 Gene: ENSMUSG00000027405 AA Change: V103A
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000146454 AA Change: V164A |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125304 Gene: ENSMUSG00000027405 AA Change: V164A
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000150401 AA Change: V115A |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123890 Gene: ENSMUSG00000027405 AA Change: V115A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000145335 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000150745 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000153353 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000138163 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000133351 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160183 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000149843 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000141872 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125305 Gene: ENSMUSG00000027405
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000136621 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124616 Gene: ENSMUSG00000027405
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000143547 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000149955 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123879 Gene: ENSMUSG00000027405
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000162063 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160976 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175746 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000161025 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000161543 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000184538 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139331 Gene: ENSMUSG00000027406
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Nop56p is a yeast nucleolar protein that is part of a complex with the nucleolar proteins Nop58p and fibrillarin. Nop56p is required for assembly of the 60S ribosomal subunit and is involved in pre-rRNA processing. The protein encoded by this gene is similar in sequence to Nop56p and is also found in the nucleolus. Expansion of a GGCCTG repeat from 3-8 copies to 1500-2500 copies in an intron of this gene results in spinocerebellar ataxia 36. Multiple transcript variants encoding several different isoforms have been found for this gene, but the full-length nature of most of them has not been determined. [provided by RefSeq, Jul 2016] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Nop56 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- ACCTTGGCAGCTTCTACAATGATGG -3' (R):5'- TGGTGATTTCAGCAGCCGCTTC -3' Sequencing Primer (F):5'- TCGTCAACAGAGTTCACCTAGTG -3' (R):5'- TTCCTCTGCCTGGCAAAAAAG -3' |
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Posted On | 2014-05-09 |