ID | 254395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Hmg20b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000020232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | high mobility group 20B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BRCA2-associated factor 35, Hmgxb2, Hmgx2, Smarce1r, BRAF35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Possibly non essential (E-score: 0.444) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R2843 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 81181882-81186314 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to C at 81182404 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Arginine to Glycine at position 209 (R209G) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000137861 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000020454] [ENSMUST00000045102] [ENSMUST00000105323] [ENSMUST00000105324] [ENSMUST00000122993] [ENSMUST00000167481] [ENSMUST00000154609] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9Z104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000020454 AA Change: R311G PolyPhen 2 Score 0.012 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.78) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000020454 Gene: ENSMUSG00000020232 AA Change: R311G
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000045102 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000049236 Gene: ENSMUSG00000034872
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000105323 AA Change: R311G PolyPhen 2 Score 0.012 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.78) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000100960 Gene: ENSMUSG00000020232 AA Change: R311G
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000105324 AA Change: R311G PolyPhen 2 Score 0.012 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.78) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000100961 Gene: ENSMUSG00000020232 AA Change: R311G
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000122993 AA Change: R209G PolyPhen 2 Score 0.181 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.87) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000137861 Gene: ENSMUSG00000020232 AA Change: R209G
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129482 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000132313 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000167481 AA Change: R311G PolyPhen 2 Score 0.012 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.78) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000128807 Gene: ENSMUSG00000020232 AA Change: R311G
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000134857 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000148839 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000140268 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000140160 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000141171 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117322 Gene: ENSMUSG00000020232
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000154609 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115459 Gene: ENSMUSG00000020232
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Hmg20b |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- AAAGGGATGCGGTTGAGATTTC -3' (R):5'- CGCCCACACTTTTCAATTAGG -3' Sequencing Primer (F):5'- AAGGGATGCGGTTGAGATTTCATTTG -3' (R):5'- AAGGCCAATTCCCTGGTCC -3' |
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Posted On | 2014-12-04 |