ID | 269162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Neil1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000032298 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | nei endonuclease VIII-like 1 (E. coli) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 2810450N13Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Possibly non essential (E-score: 0.455) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R3608 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 57050084-57055589 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 57051485 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Threonine to Alanine at position 278 (T278A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000139917 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000034836] [ENSMUST00000034842] [ENSMUST00000159130] [ENSMUST00000186410] [ENSMUST00000190245] [ENSMUST00000161182] [ENSMUST00000161663] [ENSMUST00000160147] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8K4Q6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000034836 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000034836 Gene: ENSMUSG00000032295
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000034842 AA Change: T278A PolyPhen 2 Score 0.998 (Sensitivity: 0.27; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000034842 Gene: ENSMUSG00000032298 AA Change: T278A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000159101 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124304 Gene: ENSMUSG00000032295
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000159130 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159402 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159496 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159711 |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000186410 AA Change: T278A PolyPhen 2 Score 0.998 (Sensitivity: 0.27; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141048 Gene: ENSMUSG00000032298 AA Change: T278A
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000190245 AA Change: T278A PolyPhen 2 Score 0.998 (Sensitivity: 0.27; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139917 Gene: ENSMUSG00000032298 AA Change: T278A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000162634 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160280 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000159843 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000161875 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160426 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124005 Gene: ENSMUSG00000032295
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161182 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124020 Gene: ENSMUSG00000032295
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161663 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124124 Gene: ENSMUSG00000032295
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160147 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125478 Gene: ENSMUSG00000032295
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene is a member of the Nei endonuclease VIII-like gene family which encodes DNA glycosylases. The encoded enzyme participates in the DNA repair pathway by initiating base excision repair by removing damaged bases, primarily oxidized pyrimidines. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2012] PHENOTYPE: Homozygous null mice develop severe obesity, dyslipidemia, fatty liver disease and tend to show hyperinsulinemia and increased mtDNA damage and deletions. Sporadic phenotypes include reduced subcutaneous fat, skin ulcers, joint inflammation, infertility,and tumors. Male heterozygotes become obese. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Neil1 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- CTCTGGAGTCAACCTGGTTTG -3' (R):5'- ACAGGCCTAGTCACAGTGAGAG -3' Sequencing Primer (F):5'- AGTCAACCTGGTTTGATGAAGG -3' (R):5'- AGGTTGAACCAGGCTCACTGTTC -3' |
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Posted On | 2015-02-19 |