ID | 271355 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Znrf1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000033545 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | zinc and ring finger 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | nin283, B830022L21Rik, Zrfp1, Rnf42 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably non essential (E-score: 0.094) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R3754 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 112262652-112352352 bp(+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | G to A at 112345843 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Valine to Methionine at position 76 (V76M) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000134634 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000095176] [ENSMUST00000166859] [ENSMUST00000168428] [ENSMUST00000171182] [ENSMUST00000172856] [ENSMUST00000173506] [ENSMUST00000173781] [ENSMUST00000174333] [ENSMUST00000174454] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q91V17 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000095176 AA Change: V176M PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000092799 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V176M
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000166859 AA Change: V76M PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000132939 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V76M
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000168428 AA Change: V176M PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000126684 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V176M
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000171182 AA Change: V144M PolyPhen 2 Score 0.832 (Sensitivity: 0.84; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000127956 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V144M
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000172856 AA Change: V176M PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133309 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V176M
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000173506 AA Change: V176M PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133993 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V176M
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000173726 AA Change: V36M |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133472 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V36M
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Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000173819 AA Change: V33M |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000173781 AA Change: V14M PolyPhen 2 Score 0.807 (Sensitivity: 0.84; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134232 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V14M
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000174333 AA Change: V76M PolyPhen 2 Score 0.999 (Sensitivity: 0.14; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134634 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V76M
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000174454 AA Change: V14M PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000133519 Gene: ENSMUSG00000033545 AA Change: V14M
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000173909 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000174376 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000173922 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes an E3 ubiquitin-protein ligase that plays a role in neural-cell differentiation. Overexpression of this gene causes neurite-like elongation. The encoded protein contains both a zinc finger and a RING finger motif and is localized in the endosome/lysosome compartment, indicating that it may be involved in ubiquitin-mediated protein modification, and in synaptic vessicle membranes in neurons. [provided by RefSeq, Feb 2012] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Znrf1 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- CCAAAGCCTCTCTTGAACAGTC -3' (R):5'- ACCCAAGAGGACTGGATGAC -3' Sequencing Primer (F):5'- GCTTCTAAGTCAGTCAGAAGGCTC -3' (R):5'- ATGACTGGTGAAGGGGATCTATTC -3' |
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Posted On | 2015-03-18 |