ID | 272055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Ddx5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000020719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | DEAD box helicase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 2600009A06Rik, DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 5, Hlr1, p68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R3781 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 106671181-106680011 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 106675346 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Isoleucine to Valine at position 330 (I330V) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000021062 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000018516] [ENSMUST00000021062] [ENSMUST00000103068] [ENSMUST00000123339] [ENSMUST00000127061] [ENSMUST00000133426] [ENSMUST00000127481] [ENSMUST00000129585] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | no structure available at present | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000018516 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000018516 Gene: ENSMUSG00000018372
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000021062 AA Change: I330V PolyPhen 2 Score 0.003 (Sensitivity: 0.98; Specificity: 0.44) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000021062 Gene: ENSMUSG00000020719 AA Change: I330V
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000103068 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000099357 Gene: ENSMUSG00000018372
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000106778 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000106779 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000102391 Gene: ENSMUSG00000020719
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000123339 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121733 Gene: ENSMUSG00000020719
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000127061 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117441 Gene: ENSMUSG00000020718
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000133426 AA Change: I330V PolyPhen 2 Score 0.002 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.30) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138237 Gene: ENSMUSG00000020719 AA Change: I330V
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000151741 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175392 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000130172 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175532 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000130019 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000127481 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138184 Gene: ENSMUSG00000020719
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000129585 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116859 Gene: ENSMUSG00000020719
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Meta Mutation Damage Score | 0.0719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] DEAD box proteins, characterized by the conserved motif Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), are putative RNA helicases. They are implicated in a number of cellular processes involving alteration of RNA secondary structure, such as translation initiation, nuclear and mitochondrial splicing, and ribosome and spliceosome assembly. Based on their distribution patterns, some members of this family are believed to be involved in embryogenesis, spermatogenesis, and cellular growth and division. This gene encodes a DEAD box protein, which is a RNA-dependent ATPase, and also a proliferation-associated nuclear antigen, specifically reacting with the simian virus 40 tumor antigen. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Feb 2016] PHENOTYPE: Mice homozygous for a reporter/null allele die around E11.5 displaying blood vessel malformations. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Ddx5 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TATATCACAGCGCATGATTCCC -3' (R):5'- AACTTGCTTGGCTTGCATGAG -3' Sequencing Primer (F):5'- GCCCCAGATCAAAGTACT -3' (R):5'- TTGGCTTGCATGAGGAAAACACTC -3' |
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Posted On | 2015-03-25 |