ID | 286873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Australian Phenomics Network (link to record) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Psmd13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000025487 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 26S proteasome subunit p40.5, S11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.966) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | IGL02265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 140462307-140478555 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | C to T at 140462431 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Proline to Leucine at position 16 (P16L) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000026560 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000026559] [ENSMUST00000026560] [ENSMUST00000106048] [ENSMUST00000137024] [ENSMUST00000137710] [ENSMUST00000164681] [ENSMUST00000163610] [ENSMUST00000166889] [ENSMUST00000210296] [ENSMUST00000211179] [ENSMUST00000147331] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9WVJ2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000026559 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000026559 Gene: ENSMUSG00000025486
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000026560 AA Change: P16L PolyPhen 2 Score 0.998 (Sensitivity: 0.27; Specificity: 0.99) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000026560 Gene: ENSMUSG00000025487 AA Change: P16L
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000106048 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000101663 Gene: ENSMUSG00000025486
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000129683 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000137024 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114247 Gene: ENSMUSG00000025486
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000137710 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115202 Gene: ENSMUSG00000025486
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000140411 |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000164681 AA Change: P16L PolyPhen 2 Score 0.987 (Sensitivity: 0.73; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000132405 Gene: ENSMUSG00000025487 AA Change: P16L
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000163610 AA Change: P16L PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130580 Gene: ENSMUSG00000025487 AA Change: P16L
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000166889 AA Change: P16L PolyPhen 2 Score 0.011 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.78) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000126532 Gene: ENSMUSG00000025487 AA Change: P16L
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000210974 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000146875 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000210398 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000151644 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000210296 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000211179 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000147331 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121151 Gene: ENSMUSG00000025486
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The 26S proteasome is a multicatalytic proteinase complex with a highly ordered structure composed of 2 complexes, a 20S core and a 19S regulator. The 20S core is composed of 4 rings of 28 non-identical subunits; 2 rings are composed of 7 alpha subunits and 2 rings are composed of 7 beta subunits. The 19S regulator is composed of a base, which contains 6 ATPase subunits and 2 non-ATPase subunits, and a lid, which contains up to 10 non-ATPase subunits. Proteasomes are distributed throughout eukaryotic cells at a high concentration and cleave peptides in an ATP/ubiquitin-dependent process in a non-lysosomal pathway. An essential function of a modified proteasome, the immunoproteasome, is the processing of class I MHC peptides. This gene encodes a non-ATPase subunit of the 19S regulator. Two transcripts encoding different isoforms have been described. [provided by RefSeq, Jul 2008] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Psmd13 |
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Posted On | 2015-04-16 |