ID | 314698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tspan5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000028152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | tetraspanin 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NET-4, 4930505M03Rik, Tm4sf9, 2810455A09Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Possibly essential (E-score: 0.517) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R4132 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 138447609-138610194 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | nonsense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | C to T at 138602628 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Arginine to Stop codon at position 106 (R106*) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000114663 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000029800] [ENSMUST00000119993] [ENSMUST00000121826] [ENSMUST00000127772] [ENSMUST00000135629] [ENSMUST00000142001] [ENSMUST00000142890] [ENSMUST00000146356] [ENSMUST00000153336] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P62080 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000029800 AA Change: R177* |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000029800 Gene: ENSMUSG00000028152 AA Change: R177*
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000119993 AA Change: R106* |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113230 Gene: ENSMUSG00000028152 AA Change: R106*
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000121826 AA Change: R106* |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113359 Gene: ENSMUSG00000028152 AA Change: R106*
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000127772 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000135629 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120961 Gene: ENSMUSG00000028152
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Predicted Effect |
silent Transcript: ENSMUST00000142001 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000117857 Gene: ENSMUSG00000028152
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Predicted Effect |
silent Transcript: ENSMUST00000142890 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000120969 Gene: ENSMUSG00000028152
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000146356 AA Change: R106* |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000114663 Gene: ENSMUSG00000028152 AA Change: R106*
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000153336 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122120 Gene: ENSMUSG00000028152
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a member of the transmembrane 4 superfamily, also known as the tetraspanin family. Most of these members are cell-surface proteins that are characterized by the presence of four hydrophobic domains. The proteins mediate signal transduction events that play a role in the regulation of cell development, activation, growth and motility. [provided by RefSeq, Jul 2008] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tspan5 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- ACTAAATGTTGAGGCCCCG -3' (R):5'- TGCCATCCTGTCCTGACTAG -3' Sequencing Primer (F):5'- TTGAGGCCCCGGACCTG -3' (R):5'- CTGACTAGGAACACTGGAGCGTATC -3' |
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Posted On | 2015-05-14 |