ID | 325334 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Taf1d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000031939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I, D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 4930553M18Rik, TAF(I)41, TAFI41, Josd3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 041122-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.852) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R4381 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 15217510-15228287 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | intron | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to A at 15223277 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000149377 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000034415] [ENSMUST00000213763] [ENSMUST00000164079] [ENSMUST00000161132] [ENSMUST00000216825] [ENSMUST00000216109] [ENSMUST00000215124] [ENSMUST00000214054] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9D4V4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
unknown Transcript: ENSMUST00000034415 AA Change: L310Q |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000034415 Gene: ENSMUSG00000031939 AA Change: L310Q
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000058041 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000059410 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000082700 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000082863 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083292 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083348 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000104426 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000200085 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000198150 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083729 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083331 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000158304 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160946 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125494 Gene: ENSMUSG00000046111
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000213235 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000213763 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000164079 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000129141 Gene: ENSMUSG00000031939
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000161132 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123788 Gene: ENSMUSG00000046111
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000214045 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000216825 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000216109 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000216256 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000215124 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000214316 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000213923 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000214221 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000214899 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000214054 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000216768 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000215749 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.0898 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 95% (41/43) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] TAF1D is a member of the SL1 complex, which includes TBP (MIM 600075) and TAF1A (MIM 604903), TAF1B (MIM 604904), and TAF1C (MIM 604905), and plays a role in RNA polymerase I transcription (Wang et al., 2004 [PubMed 15520167]; Gorski et al., 2007 [PubMed 17318177]).[supplied by OMIM, Jun 2009] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Taf1d |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TTGCTGGTGGAACGCTAATAAATAC -3' (R):5'- TGGGTTCGAAGAGAAAGCTC -3' Sequencing Primer (F):5'- TTCGTTGCTTGATTTCAGAGTAAG -3' (R):5'- TGGGTACTGCACACATATGC -3' |
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Posted On | 2015-07-06 |