ID | 342623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Atrip | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000025646 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ATR interacting protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 6620401K05Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 042007-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R4588 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 108888815-108903192 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 108889347 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Aspartic acid to Glutamic Acid at position 20 (D20E) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000118499 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000026737] [ENSMUST00000045011] [ENSMUST00000061973] [ENSMUST00000112053] [ENSMUST00000112059] [ENSMUST00000128062] [ENSMUST00000154184] [ENSMUST00000161521] [ENSMUST00000198295] [ENSMUST00000198376] [ENSMUST00000197689] [ENSMUST00000159614] [ENSMUST00000197483] [ENSMUST00000160217] [ENSMUST00000197099] [ENSMUST00000196954] [ENSMUST00000200515] [ENSMUST00000200629] [ENSMUST00000198708] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BMG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000026737 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000026737 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000045011 AA Change: D758E PolyPhen 2 Score 0.978 (Sensitivity: 0.76; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000044831 Gene: ENSMUSG00000025646 AA Change: D758E
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000061973 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000050971 Gene: ENSMUSG00000049734
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000112053 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107684 Gene: ENSMUSG00000049734
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000112059 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107690 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000128062 AA Change: D20E PolyPhen 2 Score 0.997 (Sensitivity: 0.41; Specificity: 0.98) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118499 Gene: ENSMUSG00000025646 AA Change: D20E
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000154184 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000128901 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000161163 |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000161521 AA Change: D731E PolyPhen 2 Score 0.978 (Sensitivity: 0.76; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125615 Gene: ENSMUSG00000025646 AA Change: D731E
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000160928 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123837 Gene: ENSMUSG00000025646
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000197194 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000198591 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000198639 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000198295 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143721 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000198376 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143374 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000197689 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142874 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000159614 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000124854 Gene: ENSMUSG00000025646
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000197483 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143613 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000160217 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000125264 Gene: ENSMUSG00000025646
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000197099 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143648 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000196954 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000143599 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000199288 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000200366 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000200515 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142835 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000199868 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000200629 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142404 Gene: ENSMUSG00000025647
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000198708 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000142978 Gene: ENSMUSG00000025647
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Meta Mutation Damage Score | 0.2030 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 98% (51/52) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes an essential component of the DNA damage checkpoint. The encoded protein binds to single-stranded DNA coated with replication protein A. The protein also interacts with the ataxia telangiectasia and Rad3 related protein kinase, resulting in its accumulation at intranuclear foci induced by DNA damage. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Aug 2012] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Atrip |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- AGCGAGGCCAATTCAATAGAC -3' (R):5'- CGCTCACTGTGATGTTGCAC -3' Sequencing Primer (F):5'- GAGGCCAATTCAATAGACACCATC -3' (R):5'- GCAATGGCTGACGGTGC -3' |
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Posted On | 2015-09-24 |