ID | 390131 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Chn1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000056486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | chimerin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ARHGAP2, 2900046J01Rik, 1700112L09Rik, alpha2 chimaerin, alpha1 chimaerin, 0710001E19Rik, 0610007I19Rik | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Possibly non essential (E-score: 0.392) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R5005 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 73441004-73605690 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to A at 73490130 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Glutamine to Leucine at position 49 (Q49L) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000099738 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000102677] [ENSMUST00000112024] [ENSMUST00000136953] [ENSMUST00000139252] [ENSMUST00000154258] [ENSMUST00000166199] [ENSMUST00000180045] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q91V57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000102677 AA Change: Q49L PolyPhen 2 Score 0.625 (Sensitivity: 0.87; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000099738 Gene: ENSMUSG00000056486 AA Change: Q49L
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000112024 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107655 Gene: ENSMUSG00000056486
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000123613 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000124450 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000136953 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123551 Gene: ENSMUSG00000056486
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000139252 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123312 Gene: ENSMUSG00000056486
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000154258 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116417 Gene: ENSMUSG00000056486
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000166199 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000128847 Gene: ENSMUSG00000056486
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000229987 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000180045 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000137106 Gene: ENSMUSG00000056486
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes GTPase-activating protein for ras-related p21-rac and a phorbol ester receptor. It is predominantly expressed in neurons, and plays an important role in neuronal signal-transduction mechanisms. Mutations in this gene are associated with Duane's retraction syndrome 2 (DURS2). Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Apr 2011] PHENOTYPE: Mice homologous for a null allele exhibit transient postnatal size reduction, abnormal gait and abnormal innervation of the spinal cord. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Chn1 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- ATGAGCCTGTAACACTGCACAC -3' (R):5'- AGTAGAGTTCACCGGCAGTC -3' Sequencing Primer (F):5'- TGCACACTCCAAGCACTGAG -3' (R):5'- AGTCGCAGGCTGACACAG -3' |
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Posted On | 2016-06-06 |