ID | 398273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Arfrp1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000038671 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | ADP-ribosylation factor related protein 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 1500006I01Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 042807-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R5235 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 180999483-181007197 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 181001298 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Histidine to Arginine at position 145 (H145R) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000126387 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000048608] [ENSMUST00000054622] [ENSMUST00000098971] [ENSMUST00000108808] [ENSMUST00000108814] [ENSMUST00000108815] [ENSMUST00000127988] [ENSMUST00000148252] [ENSMUST00000170190] [ENSMUST00000183499] [ENSMUST00000185118] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BXL7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000048269 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000048608 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000043563 Gene: ENSMUSG00000038685
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000054622 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000053120 Gene: ENSMUSG00000038685
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000098971 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000096571 Gene: ENSMUSG00000038685
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108808 AA Change: H192R PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104436 Gene: ENSMUSG00000038671 AA Change: H192R
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108814 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104442 Gene: ENSMUSG00000038685
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108815 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104443 Gene: ENSMUSG00000038685
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000130346 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000127988 AA Change: H192R PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000122066 Gene: ENSMUSG00000038671 AA Change: H192R
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000152334 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000145358 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000139368 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000124149 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000139601 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000130772 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000139608 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000147266 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000134651 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000137700 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000148252 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000116159 Gene: ENSMUSG00000038685
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000133856 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000170190 AA Change: H145R PolyPhen 2 Score 0.001 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.15) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000126387 Gene: ENSMUSG00000038671 AA Change: H145R
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000184859 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000152580 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000183499 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138941 Gene: ENSMUSG00000038671
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000185118 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139211 Gene: ENSMUSG00000038671
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: The gene encodes a membrane-associated GTPase that is related to the ADP-ribosylation factor (ARF) and ARF-like (ARL) genes. It plays an essential role in Golgi function controlling recruitment of GRIP domain proteins and ARL1 to the trans-Golgi and trans-Golgi to plasma membrane trafficking of cell surface proteins such as E-cadherin. Deletion of this gene in mice leads to embryonic lethality during early gastrulation, which is at least partly caused by the disruption of E-cadherin trafficking to the cell surface and therefore lack of sufficient cell-cell adhesion in the embryo. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2009] PHENOTYPE: Homozygous mutation of this gene results in embryonic lethality and abnormal development of embryonic tissues. Mutant embryos display an abnormal egg cylinder and lack the ectoplacental and exocoelomic cavities. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Arfrp1 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TGAATACCTACACTTTTCCAGACAC -3' (R):5'- TGTACCTGTAAGATTGGCCGG -3' Sequencing Primer (F):5'- TCCAGACACAGAGAAAAGTTTGTC -3' (R):5'- GCGAGATTGTCTGACCCAG -3' |
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Posted On | 2016-07-06 |