ID | 530082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Pcbp2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000056851 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | poly(rC) binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | alphaCP-2, Hnrpx | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 044849-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.969) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R6731 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225.009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 102378974-102408496 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 102397225 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Serine to Proline at position 237 (S237P) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000155430 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000077037] [ENSMUST00000078404] [ENSMUST00000108838] [ENSMUST00000229061] [ENSMUST00000229102] [ENSMUST00000229184] [ENSMUST00000229746] [ENSMUST00000229802] [ENSMUST00000229618] [ENSMUST00000230114] [ENSMUST00000229918] [ENSMUST00000229854] [ENSMUST00000230211] [ENSMUST00000229958] [ENSMUST00000230728] [ENSMUST00000230918] [ENSMUST00000230577] [ENSMUST00000230539] [ENSMUST00000231089] [ENSMUST00000231085] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q61990 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000077037 AA Change: S268P PolyPhen 2 Score 0.893 (Sensitivity: 0.82; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000076294 Gene: ENSMUSG00000056851 AA Change: S268P
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000078404 AA Change: S268P PolyPhen 2 Score 0.893 (Sensitivity: 0.82; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000077509 Gene: ENSMUSG00000056851 AA Change: S268P
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000108838 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000104466 Gene: ENSMUSG00000056851
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000184881 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229061 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229102 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229184 AA Change: S223P PolyPhen 2 Score 0.001 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.15) |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000229219 AA Change: S230P PolyPhen 2 Score 0.982 (Sensitivity: 0.75; Specificity: 0.96) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229746 AA Change: S199P PolyPhen 2 Score 0.001 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.15) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000229802 AA Change: S241P PolyPhen 2 Score 0.552 (Sensitivity: 0.88; Specificity: 0.91) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000229533 AA Change: S185P PolyPhen 2 Score 0.817 (Sensitivity: 0.84; Specificity: 0.93) |
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Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000229618 AA Change: S237P PolyPhen 2 Score 0.989 (Sensitivity: 0.72; Specificity: 0.97) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000230114 AA Change: S268P PolyPhen 2 Score 0.935 (Sensitivity: 0.80; Specificity: 0.94) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000229918 AA Change: S241P PolyPhen 2 Score 0.552 (Sensitivity: 0.88; Specificity: 0.91) |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000230129 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000230282 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000229822 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229854 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000230211 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229958 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000229432 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000230728 AA Change: S272P PolyPhen 2 Score 0.006 (Sensitivity: 0.97; Specificity: 0.75) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000230918 AA Change: S206P PolyPhen 2 Score 0.000 (Sensitivity: 1.00; Specificity: 0.00) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000230577 AA Change: S241P PolyPhen 2 Score 0.002 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.30) |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000230682 AA Change: S145P PolyPhen 2 Score 0.885 (Sensitivity: 0.82; Specificity: 0.94) |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000230539 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000230631 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000231089 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000231085 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000230997 |
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Meta Mutation Damage Score | 0.0907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 98% (47/48) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene appears to be multifunctional. Along with PCBP-1 and hnRNPK, it is one of the major cellular poly(rC)-binding proteins. The encoded protein contains three K-homologous (KH) domains which may be involved in RNA binding. Together with PCBP-1, this protein also functions as a translational coactivator of poliovirus RNA via a sequence-specific interaction with stem-loop IV of the IRES, promoting poliovirus RNA replication by binding to its 5'-terminal cloverleaf structure. It has also been implicated in translational control of the 15-lipoxygenase mRNA, human papillomavirus type 16 L2 mRNA, and hepatitis A virus RNA. The encoded protein is also suggested to play a part in formation of a sequence-specific alpha-globin mRNP complex which is associated with alpha-globin mRNA stability. This multiexon structural mRNA is thought to be retrotransposed to generate PCBP-1, an intronless gene with functions similar to that of PCBP2. This gene and PCBP-1 have paralogous genes (PCBP3 and PCBP4) which are thought to have arisen as a result of duplication events of entire genes. Thsi gene also has two processed pseudogenes (PCBP2P1 and PCBP2P2). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Mice heterozygous for a knock-out allele exhibit decreased body weight, impaired erythroblast maturation and lowered mean platelet counts. Mice homozygous for this allele die between E12.5 and E15.5 with hemorrhage and edema. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Pcbp2 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TGGCCACCTTGATCTGATTAG -3' (R):5'- CCATCAAGGGACCCTAAAGG -3' Sequencing Primer (F):5'- CCAGGTATTCACAAGACTTGGG -3' (R):5'- CAAGACTCCCACCAGTTT -3' |
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Posted On | 2018-08-01 |