Incidental Mutation 'RF009:Ifna13'
ID 603036
Institutional Source Beutler Lab
Gene Symbol Ifna13
Ensembl Gene ENSMUSG00000063376
Gene Name interferon alpha 13
Synonyms
Accession Numbers
Essential gene? Probably non essential (E-score: 0.087) question?
Stock # RF009 (G1)
Quality Score 225.009
Status Validated
Chromosome 4
Chromosomal Location 88561878-88562696 bp(-) (GRCm39)
Type of Mutation missense
DNA Base Change (assembly) T to A at 88562145 bp (GRCm39)
Zygosity Heterozygous
Amino Acid Change Serine to Cysteine at position 160 (S160C)
Ref Sequence ENSEMBL: ENSMUSP00000100780 (fasta)
Gene Model predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000105149]
AlphaFold Q80SU4
Predicted Effect probably damaging
Transcript: ENSMUST00000105149
AA Change: S160C

PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00)
SMART Domains Protein: ENSMUSP00000100780
Gene: ENSMUSG00000063376
AA Change: S160C

DomainStartEndE-ValueType
IFabd 50 167 2.2e-71 SMART
Coding Region Coverage
  • 1x: 99.8%
  • 3x: 99.7%
  • 10x: 99.3%
  • 20x: 98.5%
Validation Efficiency 96% (53/55)
Allele List at MGI
Other mutations in this stock
Total: 85 list
GeneRefVarChr/LocMutationPredicted EffectZygosity
6030445D17Rik ACACACACCCGC AC 4: 136,189,661 (GRCm39) probably null Het
AI182371 A G 2: 34,979,209 (GRCm39) V153A possibly damaging Het
AI837181 CGG CGGTGG 19: 5,475,262 (GRCm39) probably benign Het
Ankhd1 GCGGCG GCGGCGTCGGCG 18: 36,693,975 (GRCm39) probably benign Het
Apoc2 C T 7: 19,405,767 (GRCm39) M71I probably benign Het
Arhgap17 CTGTTGTTG CTGTTG 7: 122,886,085 (GRCm39) probably benign Het
Atrn C A 2: 130,748,842 (GRCm39) T121K probably benign Het
Btnl12 T C 16: 37,674,841 (GRCm39) D207G probably benign Het
Ccdc170 C CCAG 10: 4,511,030 (GRCm39) probably benign Het
Cckbr GCA G 7: 105,083,893 (GRCm39) probably null Het
Cdk13 T C 13: 17,978,329 (GRCm39) D303G unknown Het
Cfap65 C A 1: 74,944,806 (GRCm39) R1477L probably damaging Het
Chd2 A G 7: 73,169,410 (GRCm39) S37P possibly damaging Het
Chga AGC AGCCGC 12: 102,527,679 (GRCm39) probably benign Het
Csf2rb2 T C 15: 78,176,127 (GRCm39) I259V probably benign Het
Csnk1d A T 11: 120,862,453 (GRCm39) N275K possibly damaging Het
Dmxl1 A C 18: 50,026,461 (GRCm39) R1856S probably damaging Het
Dnah5 T C 15: 28,204,165 (GRCm39) V14A probably benign Het
Edc4 G A 8: 106,615,812 (GRCm39) S729N probably benign Het
Emilin3 T C 2: 160,751,012 (GRCm39) S246G probably benign Het
Epc2 T G 2: 49,422,249 (GRCm39) probably null Het
Exoc6 T A 19: 37,560,068 (GRCm39) F101I probably benign Het
Fam171b GCAGCA GCAGCACCAGCA 2: 83,643,224 (GRCm39) probably benign Het
Fam81b CTGTT CTGTTGTT 13: 76,419,435 (GRCm39) probably benign Het
Flywch1 CTCACCCACTCCTGGTGT CTCACCCACTCCTGGTGTGGGGAGGCTACGTAGTCACCCACTCCTGGTGT 17: 23,981,135 (GRCm39) probably null Het
Gab3 TTC TTCCTC X: 74,043,598 (GRCm39) probably benign Het
Gab3 CTT CTTATT X: 74,043,630 (GRCm39) probably null Het
Gabpa C A 16: 84,641,224 (GRCm39) Q93K probably benign Het
Gabre GGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCTGGCTCAGGCTC GGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCAGGCTCTGGCTCAGGCTC X: 71,314,318 (GRCm39) probably benign Het
Gabre GGCTCA GGCTCAAGCTCA X: 71,314,319 (GRCm39) probably benign Het
H2-T3 TCCCGAAGAAC TC 17: 36,500,294 (GRCm39) probably benign Het
Htr5a A G 5: 28,047,859 (GRCm39) D138G probably damaging Het
Ifi207 G A 1: 173,556,558 (GRCm39) P727S probably benign Het
Kcnh8 G A 17: 53,285,267 (GRCm39) R1079H probably benign Het
Klri2 GGAG GG 6: 129,710,737 (GRCm39) probably null Het
Lce1m GTTGCTGCCACTG GTTGCTGCCACTGTTGCTGCCACTG 3: 92,925,438 (GRCm39) probably benign Het
Lrch1 TTGGTGGTGCTGGTGG TTGGTGG 14: 75,185,014 (GRCm39) probably benign Het
Lrch4 A G 5: 137,635,805 (GRCm39) probably null Het
Lrrc2 TTGATTCGGTTCACC T 9: 110,810,744 (GRCm39) probably null Het
Map1a GCTCCAGC GCTCCAGCCCCAGCTCCAGCTCCAGCTCCACCTCCAGC 2: 121,136,782 (GRCm39) probably benign Het
Mettl25 T C 10: 105,669,100 (GRCm39) probably benign Het
Mex3b A G 7: 82,516,968 (GRCm39) D37G probably damaging Het
Mon1a T A 9: 107,778,433 (GRCm39) V219E probably damaging Het
Myh3 TTACG TTACGTACG 11: 66,977,183 (GRCm39) probably null Het
Myh3 GATTA GATTAATTA 11: 66,977,181 (GRCm39) probably null Het
Myh3 ATTAC ATTACTTAC 11: 66,977,182 (GRCm39) probably null Het
Myo5b T A 18: 74,777,070 (GRCm39) C377S probably damaging Het
Nefh ACTTGGCCTCAGCTGGGG ACTTGGCCTCAGCTGGGGCCTTGGCCTCAGCTGGGG 11: 4,890,997 (GRCm39) probably benign Het
Nos1ap T C 1: 170,146,150 (GRCm39) D468G probably damaging Het
Ntn5 T C 7: 45,342,684 (GRCm39) probably null Het
Oog2 T C 4: 143,921,855 (GRCm39) V255A probably benign Het
Or5ac15 T A 16: 58,940,274 (GRCm39) H53L probably damaging Het
Or8b37 A T 9: 37,959,043 (GRCm39) H175L probably damaging Het
Pdgfd C A 9: 6,288,624 (GRCm39) L93M probably damaging Het
Pgls G T 8: 72,045,107 (GRCm39) V83L probably damaging Het
Pigw C A 11: 84,767,987 (GRCm39) Q447H probably damaging Het
Pnma8a TCATGATGCACCTGCTTCAACATC TCATGATGCACCTGCTTCAACATCGCATGATGCACCTGCTTCAACATC 7: 16,695,352 (GRCm39) probably benign Het
Poc1a C A 9: 106,172,417 (GRCm39) L253M possibly damaging Het
Ppl T A 16: 4,915,795 (GRCm39) E589D probably benign Het
Prkar1b A G 5: 139,094,376 (GRCm39) S71P probably benign Het
Prx T C 7: 27,218,385 (GRCm39) F1101S probably damaging Het
Rffl A G 11: 82,736,598 (GRCm39) V26A probably benign Het
Scube3 T A 17: 28,387,371 (GRCm39) L923Q probably damaging Het
Setd2 C T 9: 110,379,779 (GRCm39) P1198L probably damaging Het
Shank2 C A 7: 143,965,308 (GRCm39) A972E possibly damaging Het
Slc10a6 A G 5: 103,756,858 (GRCm39) L302P probably damaging Het
Slc29a3 C T 10: 60,586,340 (GRCm39) G42D probably benign Het
Spart T C 3: 55,035,027 (GRCm39) V471A probably benign Het
Srebf1 T C 11: 60,094,942 (GRCm39) T486A probably benign Het
Sspo T A 6: 48,436,919 (GRCm39) Y1284* probably null Het
Supt20 AGCAGC AGCAGCCGCAGC 3: 54,635,083 (GRCm39) probably benign Het
Tcof1 GCA GCACCA 18: 60,968,815 (GRCm39) probably benign Het
Tff1 CTTCCTG C 17: 31,383,901 (GRCm39) probably benign Het
Tmprss13 ATCTCCAGCAAGGGCACCTCCTCAGGCCTCTCCAGCAAGGACACCTCCTCAGGCCTCTCCAACAAGGACACCTCCTCAGGCCTCTCCAGCAAGGGCACCTCCTC ATCTCCAGCAAGGGCACCTCCTCAGGGCTCTCCAGCAAGGGCACCTCCTCAGGCCTCTCCAGCAAGGACACCTCCTCAGGCCTCTCCAACAAGGACACCTCCTCAGGCCTCTCCAGCAAGGGCACCTCCTC 9: 45,239,762 (GRCm39) probably benign Het
Tnfrsf25 T C 4: 152,204,081 (GRCm39) W341R probably damaging Het
Trappc9 GCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT GCTGCTGCTGCTGCTTCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT 15: 72,673,136 (GRCm39) probably benign Het
Trav8d-1 T A 14: 53,016,207 (GRCm39) L31Q probably damaging Het
Ttc23 A T 7: 67,375,777 (GRCm39) I452F possibly damaging Het
Uimc1 T C 13: 55,198,598 (GRCm39) E526G possibly damaging Het
Ulbp1 T A 10: 7,397,405 (GRCm39) K233N unknown Het
Usp17ld A T 7: 102,899,495 (GRCm39) V479E probably damaging Het
Utrn T TGTTACCC 10: 12,509,689 (GRCm39) probably null Het
Vmn1r9 C T 6: 57,048,465 (GRCm39) S180L probably benign Het
Wdr97 GAGGAGGA G 15: 76,247,367 (GRCm39) probably null Het
Zfp598 CACC CACCCCTACC 17: 24,899,761 (GRCm39) probably benign Het
Other mutations in Ifna13
AlleleSourceChrCoordTypePredicted EffectPPH Score
IGL02748:Ifna13 APN 4 88,562,097 (GRCm39) missense probably damaging 0.99
R1691:Ifna13 UTSW 4 88,562,291 (GRCm39) missense probably benign 0.00
R1938:Ifna13 UTSW 4 88,562,412 (GRCm39) missense probably damaging 0.98
R1986:Ifna13 UTSW 4 88,562,588 (GRCm39) missense probably benign 0.00
R2279:Ifna13 UTSW 4 88,562,156 (GRCm39) missense probably benign 0.27
R2435:Ifna13 UTSW 4 88,562,366 (GRCm39) missense probably damaging 1.00
R2445:Ifna13 UTSW 4 88,562,133 (GRCm39) missense probably damaging 1.00
R4041:Ifna13 UTSW 4 88,562,228 (GRCm39) missense probably benign 0.00
R4612:Ifna13 UTSW 4 88,562,113 (GRCm39) missense probably damaging 1.00
R6271:Ifna13 UTSW 4 88,562,082 (GRCm39) missense possibly damaging 0.79
R8783:Ifna13 UTSW 4 88,562,526 (GRCm39) missense probably damaging 1.00
R8833:Ifna13 UTSW 4 88,562,157 (GRCm39) nonsense probably null
R9433:Ifna13 UTSW 4 88,562,540 (GRCm39) missense probably benign 0.08
Z1177:Ifna13 UTSW 4 88,562,615 (GRCm39) missense probably benign 0.26
Predicted Primers PCR Primer
(F):5'- TGCTGAAACATCTAGGCAGGTTG -3'
(R):5'- GACTCATCTGCTGCATGGAATG -3'

Sequencing Primer
(F):5'- ACATCTAGGCAGGTTGATTGTATTC -3'
(R):5'- TGGAATGCAACCCTCCTAGACTC -3'
Posted On 2019-12-04