ID | 633661 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Tardbp | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000041459 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | TAR DNA binding protein | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Tdp43, TDP-43, 1190002A23Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 067590-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R8164 (G1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225.009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Validated | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 148696839-148711476 bp(-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to T at 148703060 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Asparagine to Lysine at position 301 (N301K) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000081142 (fasta) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000045180] [ENSMUST00000052060] [ENSMUST00000084125] [ENSMUST00000095719] [ENSMUST00000105699] [ENSMUST00000105700] [ENSMUST00000105702] [ENSMUST00000140897] [ENSMUST00000165113] [ENSMUST00000172073] [ENSMUST00000185673] [ENSMUST00000186711] [ENSMUST00000186729] [ENSMUST00000186947] [ENSMUST00000187939] [ENSMUST00000188134] [ENSMUST00000189048] [ENSMUST00000190552] [ENSMUST00000190696] [ENSMUST00000191450] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q921F2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB Structure | Crystal structure of mouse TDP-43 RRM2 domain in complex with DNA [X-RAY DIFFRACTION] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000045180 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000038113 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000052060 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000049729 Gene: ENSMUSG00000028979
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000084125 AA Change: N301K PolyPhen 2 Score 0.002 (Sensitivity: 0.99; Specificity: 0.30) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000081142 Gene: ENSMUSG00000041459 AA Change: N301K
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000095719 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000093386 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000105699 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000101324 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000105700 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000101325 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000105702 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000101327 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000140897 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135135 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000147391 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000165113 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000129342 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000172073 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130963 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000185673 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141010 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000185824 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000186711 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000186729 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139547 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000186947 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000140529 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000187939 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000140928 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000188134 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139476 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000188488 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000189048 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000140364 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000190287 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000190552 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000141052 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000190630 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000190696 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000139637 Gene: ENSMUSG00000041459
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000191378 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000191450 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000140832 Gene: ENSMUSG00000041459
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | 98% (49/50) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] HIV-1, the causative agent of acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), contains an RNA genome that produces a chromosomally integrated DNA during the replicative cycle. Activation of HIV-1 gene expression by the transactivator Tat is dependent on an RNA regulatory element (TAR) located downstream of the transcription initiation site. The protein encoded by this gene is a transcriptional repressor that binds to chromosomally integrated TAR DNA and represses HIV-1 transcription. In addition, this protein regulates alternate splicing of the CFTR gene. A similar pseudogene is present on chromosome 20. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Homozygous deficient mice display embryonic lethality before somite formation with impaired inner cell mass proliferation. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Tardbp |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- AAAAGCCTGATTTGGTTCCCTC -3' (R):5'- TTGTTTCTTACAGGTTGCCCAG -3' Sequencing Primer (F):5'- TCTGCATGCTGCCCTGG -3' (R):5'- CCCAGTCTCTTTGTGGAGAG -3' |
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Posted On | 2020-07-13 |