ID | 63873 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Ssb | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000068882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | small RNA binding exonuclease protection factor La | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SS-B, Sjogren syndrome antigen B, La protein, autoantigen La | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 038896-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R0713 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 69691906-69702190 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 69697703 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Threonine to Alanine at position 145 (T145A) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000130313 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000060447] [ENSMUST00000090852] [ENSMUST00000112260] [ENSMUST00000132186] [ENSMUST00000142127] [ENSMUST00000166411] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P32067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000060447 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000050907 Gene: ENSMUSG00000051730
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000090852 AA Change: T145A PolyPhen 2 Score 0.062 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.84) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000088365 Gene: ENSMUSG00000068882 AA Change: T145A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000112260 AA Change: T145A PolyPhen 2 Score 0.013 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.78) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107879 Gene: ENSMUSG00000068882 AA Change: T145A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000132186 AA Change: T145A PolyPhen 2 Score 0.016 (Sensitivity: 0.95; Specificity: 0.79) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000119773 Gene: ENSMUSG00000068882 AA Change: T145A
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000132603 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000115666 Gene: ENSMUSG00000068882
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000135459 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000142127 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000121474 Gene: ENSMUSG00000051730
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000166411 AA Change: T145A PolyPhen 2 Score 0.062 (Sensitivity: 0.94; Specificity: 0.84) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000130313 Gene: ENSMUSG00000068882 AA Change: T145A
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000156057 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000149283 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is involved in diverse aspects of RNA metabolism, including binding and protecting poly(U) termini of nascent RNA polymerase III transcripts from exonuclease digestion, processing 5' and 3' ends of pre-tRNA precursors, acting as an RNA chaperone, and binding viral RNAs associated with hepatitis C virus. Autoantibodies reacting with this protein are found in the sera of patients with Sjogren syndrome and systemic lupus erythematosus. Alternative promoter usage results in two different transcript variants which encode the same protein. [provided by RefSeq, Jun 2014] PHENOTYPE: Mice homozygous for disruptions in this gene die as embryos, possible before implantation. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Ssb |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- GGGGAGAGAAAGATACCTAGCTCTGACT -3' (R):5'- AGGTGCTGTTGTTTACCTTACCCTATTG -3' Sequencing Primer (F):5'- AAGATACCTAGCTCTGACTTCGTTTC -3' (R):5'- ATTTTGTGGTCTGAGAAACCTAAG -3' |
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Posted On | 2013-07-30 |