ID | 94648 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Hnrnpk | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000021546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Hnrpk, KBBP, hnRNPK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039204-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Probably essential (E-score: 0.842) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R1131 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 58538956-58551157 bp(-) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | splice site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | T to C at 58541979 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ref Sequence | ENSEMBL: ENSMUSP00000152935 (fasta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000043269] [ENSMUST00000116403] [ENSMUST00000175847] [ENSMUST00000176207] [ENSMUST00000177019] [ENSMUST00000177060] [ENSMUST00000177117] [ENSMUST00000176849] [ENSMUST00000176305] [ENSMUST00000176558] [ENSMUST00000177497] [ENSMUST00000225674] [ENSMUST00000224182] [ENSMUST00000224342] [ENSMUST00000224836] [ENSMUST00000225176] [ENSMUST00000224524] [ENSMUST00000225031] [ENSMUST00000224030] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P61979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000043269 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000039269 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000083500 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000116403 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000112104 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000175847 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000134837 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000175939 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000176207 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135354 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176257 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000176797 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000177019 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135647 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176359 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000177051 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176725 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000177377 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176609 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176269 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000176888 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000177060 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135407 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000177117 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135109 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000176849 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135342 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000176305 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135305 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000176558 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135623 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000177497 |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135833 Gene: ENSMUSG00000021546
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000225674 |
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Predicted Effect |
probably null Transcript: ENSMUST00000224182 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000224342 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000224836 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000225176 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000224524 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000225031 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000224531 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000224782 |
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000224030 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000226015 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000225866 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | FUNCTION: The protein encoded by this gene is a component of the heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP) complex, and is a poly-cytosine binding protein (PCBP). It is found in multiple subcellular compartments including the nucleus, cytoplasm and mitochondria. This gene product is thought to interact with RNA, DNA, and protein, and is involved in multiple cellular processes, including transcription, chromatin remodeling, DNA damage response, signal transduction, mRNA splicing, export, and translation. Multiple transcript variants and protein isoforms exist, with some isoforms containing a unique C-terminus. There are four pseudogenes of this gene, found on chromosomes 2, 3, 7 and 13. [provided by RefSeq, Aug 2014] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Hnrnpk |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- GGTCCGCCAAGATCACCATATGAG -3' (R):5'- GAGACCGCTATGATGGCATGGTAAG -3' Sequencing Primer (F):5'- GCCCCCTGCATAAGAATAGTCTG -3' (R):5'- AGAATTTTGATTTATAAGGGCGGC -3' |
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Posted On | 2014-01-05 |