ID | 97689 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Symbol | Rd3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Ensembl Gene | ENSMUSG00000049353 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | retinal degeneration 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 3322402L07Rik, rd-3, rd3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 039111-MU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Numbers | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Essential gene? | Non essential (E-score: 0.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Stock # | R0991 (G1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Quality Score | 121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Status | Not validated | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 191709331-191720244 bp(+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Type of Mutation | missense | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DNA Base Change (assembly) | A to G at 191717199 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Zygosity | Heterozygous | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Glutamic Acid to Glycine at position 223 (E223G) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for transcript(s): [ENSMUST00000175680] [ENSMUST00000180463] [ENSMUST00000181512] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8BRE0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect |
probably damaging Transcript: ENSMUST00000053463 AA Change: E223G PolyPhen 2 Score 0.980 (Sensitivity: 0.75; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000050188 Gene: ENSMUSG00000049353 AA Change: E223G
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000175680 AA Change: S85G PolyPhen 2 Score 0.007 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.75) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000135650 Gene: ENSMUSG00000049353 AA Change: S85G
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000180429 |
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Predicted Effect |
possibly damaging Transcript: ENSMUST00000180463 AA Change: E108G PolyPhen 2 Score 0.860 (Sensitivity: 0.83; Specificity: 0.93) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000138049 Gene: ENSMUSG00000049353 AA Change: E108G
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Predicted Effect |
probably benign Transcript: ENSMUST00000181512 AA Change: S85G PolyPhen 2 Score 0.007 (Sensitivity: 0.96; Specificity: 0.75) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000137756 Gene: ENSMUSG00000049353 AA Change: S85G
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000192547 |
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Predicted Effect |
noncoding transcript Transcript: ENSMUST00000226862 |
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Coding Region Coverage |
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Validation Efficiency | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a retinal protein that is associated with promyelocytic leukemia-gene product (PML) bodies in the nucleus. Mutations in this gene cause Leber congenital amaurosis type 12, a disease that results in retinal degeneration. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Sep 2009] PHENOTYPE: Homozygotes for a spontaneous mutation exhibit retinal degeneration, beginning at 3 weeks of age, characterized by complete loss of photoreceptor rod cells by 5 weeks, and cones by 8 weeks. [provided by MGI curators] |
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Allele List at MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other mutations in this stock |
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Other mutations in Rd3 |
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Predicted Primers |
PCR Primer (F):5'- TCTCAGAGTAATCACAGGGGCAGG -3' (R):5'- TGGTTCGGATGTCACTGGCAAAG -3' Sequencing Primer (F):5'- ccatgtgaaaaggcaggtg -3' (R):5'- TCACTGGCAAAGGGTGC -3' |
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Posted On | 2014-01-05 |