Allele | mecro | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | critical splice donor site | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 112,046,348 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | C ⇒ G (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Mlkl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | mixed lineage kinase domain-like | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | 9130019I15Rik | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 112,038,429-112,064,809 bp (-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: This gene belongs to the protein kinase superfamily. The encoded protein contains a protein kinase-like domain; however, is thought to lack protein kinase activity. This protein plays a critical role in tumor necrosis factor (TNF)-induced necroptosis, a programmed cell death process, via interaction with receptor-interacting protein 3 (Rip3), which is a key signaling molecule in necroptosis pathway. Knockout of this gene in mice showed that it is essential for necroptosis. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Sep 2015] PHENOTYPE: Mice homozygous for a knock-out allele exhibit imapired macrophage and mouse embryonic fibroblast necroptosis. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | NCBI RefSeq: NM_001310613 (isoform 1) NM_029005 (isoform 2); MGI:1921818 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000055521 †] [ENSMUSP00000113718 †] † probably from a misspliced transcript | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q9D2Y4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB Structure |
Structure of MLKL [X-RAY DIFFRACTION]
Crystal structure of the mouse MLKL kinase-like domain [X-RAY DIFFRACTION] Crystal structure of the mouse RIP3-MLKL complex [X-RAY DIFFRACTION] |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000055521 Gene: ENSMUSG00000012519
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Predicted Effect | probably null | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000113718 Gene: ENSMUSG00000012519
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Predicted Effect | probably null | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Meta Mutation Damage Score | 0.9487 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Probably nonessential (E-score: 0.087) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All Mutations and Alleles(4) : Chemically induced (ENU)(1) Endonuclease-mediated(1) Gene trapped(1) Targeted(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2019-09-04 9:42 PM by Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2016-08-15 9:58 AM by Ying Wang | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2016-09-19 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The mecro phenotype was identified among N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-mutagenized G3 mice of the pedigree R4760, some of which exhibited resistance to lipopolysaccharide (LPS)-induced necroptosis (Figure 1). |
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Nature of Mutation |
Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 89 mutations. The necroptosis phenotype was linked by continuous variable mapping to a mutation in Mlkl: a G to C transversion at base pair 111,319,716 (v38) on chromosome 8, or base pair 18,741 in the GenBank genomic region NC_000074. Linkage was found with a recessive model of inheritance, wherein two variant homozygotes departed phenotypically from four homozygous reference mice and six heterozygous mice with a P value of 3.982 x 10-11 (Figure 2). A substantial semidominant effect was observed, but the mutation is preponderantly recessive. The mecro mutation is within the splice donor site of intron 6, one base pair away from exon 6 (out of 11 total exons). The effect of the mecro mutation on the mRNA sequence and MLKLmecro protein expression is unknown. In the event of exon 6 skipping, the aberrant transcript would have a deletion of the 136 base pair exon 6 (corresponding to amino acids 263-308), a frame-shift, and coding of 29 aberrant amino acids followed by a premature stop codon (within exon 8) after amino acid 291.
Genomic numbering corresponds to NC_000074. The mutated nucleotide is indicated in red, the splice donor site is in green, and the splice acceptor site is in blue. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction | Mlkl encodes mixed lineage kinase domain-like (MLKL), a pseudokinase and member of the protein kinase superfamily. MLKL has a pseudokinase domain (amino acids 171-464), but does not exhibit kinase activity (1) (Figure 3). Similar to kinases, MLKL has a (Val-Ala-Ile-Lys) motif, which positions the α- and β-phosphates of ATP during phosphoryl transfer, but does not have a catalytic loop or an activation loop. The pseudokinase domain has a kinase fold with N- and C-lobes (1-3). The N-lobe has an antiparallel, five-stranded β-sheet and an α-helix (helix αC), whereas the C-lobe contains seven α-helices and a pair of β-strands (4). MLKL has an N-terminal four-helical bundle (amino acids 1-130) followed by a two-helix linker (termed brace; amino acids 131-170) that tethers the N-terminus to a pseudokinase domain (1). The mecro mutation is predicted to result in skipping of exon 6, resulting in deletion of amino acids 263-308 encoded by exon 6, a frame-shift, and coding of 29 aberrant amino acids and a premature stop codon after amino acid 291. The mecro mutation would affect the pseudokinase domain.
For more information about Mlkl, please see the record for necro. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | Necroptosis is a pro-inflammatory form of cell death regulated by the kinases RIP1 and RIP3. Necroptosis occurs after stimulation of the DNA receptor, DNA-dependent activator of interferon regulatory factors (DAI), or activation of death receptors [e.g., TNF receptor 1 (TNFR1; see the record PanR1 for information about TNF) and Fas (see the record for cherry)], Toll-like receptors [TLRs; e.g., TLR3 and TLR4 (see the record for lps3)], T-cell antigen receptor (TCR), or interferon receptor [IFNAR1 (see the record for macro-1) and IFNAR2 (see the record for macro-2)] signaling. During necroptosis, RIP3 binds RIP1 through their respective RIP homotypic interaction motif domains, forming the necroptosome. RIP1 and RIP3 phosphorylation in the necroptosome leads to the recruitment of MLKL (5;6). MLKL is essential for necroptosis (2;4-6). Inhibition of MLKL function using necrosulfonamide prevents necrosome formation and subsequent necropototic signaling (5;6). Mouse dermal fibroblasts (MDFs), mouse embryonic fibroblasts (MEFs), and bone-marrow-derived macrophages (BMDMs) derived from the Mlkl-/- mice were resistant to TNF-induced necroptotic cell death (1). The mecro mice exhibit resistance to LPS-induced necroptosis; necroptosis downstream of TNF has not been examined in the mecro mice. The phenotype of the mecro mice indicates loss of MLKLmecro function. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer mecro_pcr_F: ATGGGATCGCGAGACATTCTAG mecro_pcr_R: TGGGGCTGGATCTTTACAATACC Sequencing Primer mecro_seq_F: TGGCGATCTGTGGGCAAC mecro_seq_R: GCTGGATCTTTACAATACCTTGCTTC |
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Genotyping | PCR program 1) 94°C 2:00 The following sequence of 401 nucleotides is amplified (chromosome 8, - strand): 1 tggggctgga tctttacaat accttgcttc ttttccacta gtgaagcccc ctgagttctc Primer binding sites are underlined and the sequencing primers are highlighted; the mutated nucleotide is shown in red. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Peter Jurek | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Ying Wang and Bruce Beutler |