Allele | Rigged | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mutation Type | start codon destroyed | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 14 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 30,610,301 bp (GRCm38) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | A ⇒ G (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Prkcd | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | protein kinase C, delta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | Pkcd, D14Ertd420e, PKC[d], PKCdelta | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 30,595,354-30,626,210 bp (-) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] Protein kinase C (PKC) is a family of serine- and threonine-specific protein kinases that can be activated by calcium and the second messenger diacylglycerol. PKC family members phosphorylate a wide variety of protein targets and are known to be involved in diverse cellular signaling pathways. PKC family members also serve as major receptors for phorbol esters, a class of tumor promoters. Each member of the PKC family has a specific expression profile and is believed to play distinct roles in cells. The protein encoded by this gene is one of the PKC family members. Studies both in human and mice demonstrate that this kinase is involved in B cell signaling and in the regulation of growth, apoptosis, and differentiation of a variety of cell types. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been observed. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Mice homozygous for a null allele exhibit decreased neutrophil cell numbers and activity, increased B cell numbers and proliferation, increased acute inflammation, and increased IgG1 and IgA serum levels. [provided by MGI curators] |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Number | NCBI RefSeq: NM_001310682 (variant 1), NM_011103 (variant 2); MGI:97598 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Methionine changed to Threonine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000022521] [ENSMUSP00000107821] [ENSMUSP00000107822] [ENSMUSP00000107825] [ENSMUSP00000107826] [ENSMUSP00000107829] [ENSMUSP00000107830] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | P28867 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PDB Structure |
PROTEIN KINASE C DELTA CYS2 DOMAIN [X-RAY DIFFRACTION]
PROTEIN KINASE C DELTA CYS2 DOMAIN COMPLEXED WITH PHORBOL-13-ACETATE [X-RAY DIFFRACTION] Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase Cdelta [X-RAY DIFFRACTION] Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase Cdelta [X-RAY DIFFRACTION] Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase Cdelta [X-RAY DIFFRACTION] Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase C delta [X-RAY DIFFRACTION] Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase C delta [X-RAY DIFFRACTION] Structural and functional characterization of an anesthetic binding site in the second cysteine-rich domain of protein kinase C delta [X-RAY DIFFRACTION] |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000022521 Gene: ENSMUSG00000021948 AA Change: M1T
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably null
PolyPhen 2 Score 0.988 (Sensitivity: 0.73; Specificity: 0.96) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107821 Gene: ENSMUSG00000021948
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably benign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107822 Gene: ENSMUSG00000021948
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably benign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107825 Gene: ENSMUSG00000021948
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably benign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107826 Gene: ENSMUSG00000021948
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably benign | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107827 Gene: ENSMUSG00000021948
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | noncoding transcript | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107829 Gene: ENSMUSG00000021948 AA Change: M1T
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably null
PolyPhen 2 Score 0.988 (Sensitivity: 0.73; Specificity: 0.96) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107830 Gene: ENSMUSG00000021948 AA Change: M1T
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Predicted Effect | probably null
PolyPhen 2 Score 0.988 (Sensitivity: 0.73; Specificity: 0.96) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Meta Mutation Damage Score | 0.9696 ![]() |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Possibly essential (E-score: 0.531) ![]() |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Penetrance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All Mutations and Alleles(11) : Gene trapped(2) Targeted(8) Transgenic(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2019-10-23 1:57 PM by Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2016-11-08 12:37 PM | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2018-07-18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The rigged phenotype was identified among N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-mutagenized G3 mice of the pedigree R4750, some of which showed susceptibility to dextran sodium sulfate (DSS)-induced colitis at 7 (Figure 1) and 10 days (Figure 2) post-DSS treatment. |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Nature of Mutation |
Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 90 mutations. The DSS susceptibility phenotype was linked by continuous variable mapping to a mutation in Prkcd: a T to C transition at base pair 30,610,301 (v38) on chromosome 14, or base pair 16,114 in the GenBank genomic region NC_000080 encoding Prkcd. The strongest association was found with a recessive model of inheritance to the day 10 DSS phenotype, wherein three variant homozygotes departed phenotypically from 14 homozygous reference mice and 16 heterozygous mice with a P value of 4.274 x 10-5 (Figure 3).
The mutation corresponds to residue 10 in the mRNA sequence NM_001310682 within exon 1 of 17 total exons.
The mutated nucleotide is indicated in red. The mutation results in a methionine to threonine substitution at position 1 (M1T) in the PRKCD protein, and is strongly predicted by PolyPhen-2 to be damaging (score = 0.988). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Prediction |
Prkcd encodes PKCδ, a member of the protein kinase C (PKC) family of serine-threonine kinases. At least 11 mammalian PKC proteins are known with a wide range of tissue distribution, subcellular localization, and function. The PKC family belongs to the AGC-type kinase (protein kinase A/protein kinase G/protein kinase C) superfamily.
PKC kinases share certain structural features. PKC kinases have highly conserved catalytic domains consisting of motifs required for ATP-substrate binding and catalysis. The PKC kinases also have a regulatory domain that maintains the enzyme in an inactive conformation. The regulatory and catalytic domains are attached to each other by a hinge region. PKC kinases can be split into three groups: conventional (α, βI, βII, and γ), novel (δ, ϵ, η, θ), and atypical (ζ and ι/λ). These classifications are based on the structural motifs in the regulatory domain that account for cofactor dependence and interactions during induction of catalytic activity. PKCδ is a novel PKC that requires diacylglycerol (DAG) to become activated; PKCδ can also bind phorbol ester, bombesin, serum, platelet-derived growth factor, and epidermal growth factor (1;2).
Similar to other members of the PKC family (see the record for celina [Prkcq] and Untied [Prkcb]), PKCδ has a C2-like domain, two tandem cysteine-rich zinc finger C1 domains (C1a and C1b), a kinase (C3/C4) domain, and a AGC-kinase C-terminal domain (Figure 4).
The C2-like domain is approximately 130 amino acids long and binds to anionic phospholipids present in membranes in a Ca2+-dependent manner (3).
The C1 domains have a HX12CX2CXnCX2CX4HX2CX7C motif, where H is histidine, C is cysteine, X is any other amino acid, and n is 13 or 14. The C1 domains facilitate DAG and phorbol ester binding. In the C1b domain, the phorbol ester binds to a pocket between two β-sheets [PDB:3UGD; (4)]. The C1 domains also function as hydrophobic switches to anchor PKCs to the membrane (5). The C1 domain has two zinc-coordinating sites required for C1 domain folding.
The kinase domain has a glycine-rich ATP-binding loop with a GXGXXG sequence (amino acids 387-392) that is found in protein kinases and nucleotide binding proteins. An invariant Lys (Lys409) promotes phosphoryl-transfer. The C-terminal lobe of the kinase domain is predominantly α-helical and contains the activation loop. Met458 connects the two lobes of the kinase domain and controls access to a cavity in the ATP binding pocket. Within the C-terminal catalytic domain is an ATP-binding site (C3) and a substrate-binding domain (C4).
PKCδ is sequentially phosphorylated at Thr505, Ser643, and Ser662 (6-8). First, Thr505 within the activation loop is phosphorylated by PDK-1 (or a related enzyme). Second, Ser643 and Ser662 within the AGC-kinase C-terminal domain are phosphorylated; Ser642 is autophosphorylated, and Ser662 is phosphorylated by an unidentified kinase (9;10). Phosphorylation of the AGC-kinase C-terminal domain regulates the function of PKCδ by controlling both intra- and inter-molecular interactions [SMART; (11;12)]. Ser643 is within a turn motif, and Ser662 is in a hydrophobic pocket. Phosphorylated PKCδ is in a mature and stable conformation that can be activated by DAG or phorbol ester. PKCδ is also phosphorylated at several tyrosine residues (Tyr52, Tyr155, Tyr187, Tyr311, Tyr322, and Tyr565) after cell stimulation (8;13-17). Tyrosine phosphorylation may regulate the catalytic activity of PKCδ. Phosphorylation of Tyr311 promotes PKCδ degradation after ubiquitination (17;18).
A catalytically active fragment of PKCδ is generated in cells induced to undergo apoptosis by ionizing radiation, DNA-damaging drugs, and anti-Fas (see the record for cherry) antibody (19-21). Caspase-3, or a related enzyme, cleaves PKCδ between Asp327 and Asn328. The catalytically active fragment of PKCδ inhibits the function of DNA-dependent protein kinase (DNA-PKCS; see the record for clover) and promotes DNA damage-induced apoptosis (22).
The rigged mutation results in a methionine to threonine substitution at position 1 (M1T) in the PKCδ protein. The next methionine is at residue 32. Both residues are within the C2 domain. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression/Localization | In their inactive conformations, most PKC proteins are localized in the cytosol and often associate with cytoskeletal proteins (23). Upon activation, PKCs translocate to the plasma membrane via a mechanism that involves phospholipase C (PLC)-derived DAG accumulation (7;24). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Background |
Many functions have been ascribed to PKC kinases due to their widespread expression and variety of substrates. PKCs are involved in receptor desensitization, modulating membrane structure events, regulating transcription, mediating immune responses, regulating cell growth, and in learning and memory. A high degree of redundancy or cross talk among different PKC proteins can also occur, making the identification of isoform-specific roles difficult. The development of knockout mice for various PKC genes has enabled identification of the in vivo pathways and processes these proteins are involved in as opposed to their broad in vitro substrate specificity.
Members of the PKC family play important roles in signaling for various growth factors, cytokines, and hormones including those involved in the regulation of cell growth, apoptosis, and differentiation of hematopoietic cells. These include platelet-derived growth factor (PDGF), insulin-like growth factor 1 (IGF-1), erythropoietin (EPO), thrombopoietin (TPO), stem cell factor (SCF), tumor necrosis factor (TNF), granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (GM-CSF), G-CSF, M-CSF, type I and II interferons (IFNs) and various interleukins (ILs).
PKCδ functions in B-cell receptor-mediated signaling. Engagement of the BCR initiates receptor aggregation, resulting in activation of receptor-associated Src-family kinases, as well as Syk and Bruton’s tyrosine kinase (Btk)/Tec family kinases. These initial events facilitate the recruitment and activation of additional kinases and adaptor proteins within membrane raft microdomains leading to the formation of a mature BCR ‘signalosome’ and promoting the full activation of several downstream signaling cascades including the generation of the second messengers DAG and IP3. Soluble IP3 and membrane-bound DAG initiate downstream signal transduction pathways involving Ca2+ and PKC isoforms, respectively. These, together with additional signal transduction cascades, lead to the activation of multiple transcription factors, including nuclear factor of activated T cells (NF-AT), NF-κB and activator protein 1, which subsequently regulate biological responses including cell proliferation, differentiation and apoptosis, as well as the secretion of antigen-specific antibodies.
Mutations in PRKCD are linked to autoimmune lymphoproliferative syndrome, type III (ALPS3; OMIM: #615559; (25-27)). ALPS3 patients exhibit variable phenotypes, but most have lymphadenopathy associated with variable autoimmune manifestations. Some patients may have recurrent infections. Lymphocyte accumulation results from a combination of impaired apoptosis and excessive proliferation. PKCs have long been known to play important roles in the development of cancer. Phorbol esters are known to promote tumor formation and partially do so by activating PKC enzymes, thus promoting cellular survival and proliferation [reviewed by (28)]. PKCs were originally thought to be pro-mitogenic kinases, but this activity can be PKC-isozyme-dependent and cell-type dependent, as many PKCs can also inhibit cell cycle progression and promote apoptosis. Altered PKC levels are found in many types of human cancers.
Prkcd-deficient (Prkcd-/-) mice are viable, but often develop autoimmune disease as well as enlarged lymph nodes and spleens with multiple germinal centers (29). Prkcd-/- mice have increased numbers of IgM+ B cells in the spleen and lymph nodes, but normal numbers of splenic and peritoneal CD5+ B cells (29;30). The number of neutrophils in the cerebral cortex and striatum of the Prkcd-/- mice was reduced compared to wild-type mice (31). The levels of IgG1, IgM, and IgA were elevated in the serum from the mice (29;30;32). Some mice exhibited reduced glucose-stimulated insulin secretion compared to wild-type mice (33). Prkcd-/- mice exhibited normal B-cell receptor-mediated activation in response to stimulation, but the induction of tolerance was defective (30). Prkcd-/- mice exhibited less ossification and delayed chondrocyte maturation in long bones compared to wild-type controls (34). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism |
PKCδ mediates intestinal inflammatory responses to specific challenges. PKCδ expression levels in the intestine increase in response to endotoxin or 2,4,6-trinitrobenzenesulfonic acid (TNBS) challenge, and PKCδ is activated in intestinal epithelial cells in response to TNF-α treatment. PKCδ functions in oxidant-induced disruption of the microtubule cytoskeleton and permeability barrier of colonic epithelia in vitro (35). PKCδ activation is also associated with increased injury susceptibility in neonatal rat colon (36). The colitis susceptibility phenotype observed in the Rigged mice is consistent with loss of PKCδ function. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer Rigged_pcr_F: AACTGGGTGCTTCTGTCTTC Rigged_pcr_R: CCTGGCATGTACAGCTGTTC Sequencing Primer Rigged_seq_F: ATCCTCAGCTGGGTCGTTCAG Rigged_seq_R: CTGTAATTGCCTAAGGATCACAGGC |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping | PCR program 1) 94°C 2:00 The following sequence of 419 nucleotides is amplified (chromosome 14, - strand): 1 cctggcatgt acagctgttc tgtaattgcc taaggatcac aggctcaaat gcttccaggg Primer binding sites are underlined and the sequencing primers are highlighted; the mutated nucleotide is shown in red. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Emre Turer, William McAlpine, Kuan-Wen Wang, Tianshi Lu, and Bruce Beutler |