Allele | banned | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | critical splice acceptor site | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 55,919,864 bp (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | A ⇒ G (forward strand) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Tcf7l2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | transcription factor 7 like 2, T cell specific, HMG box | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | Tcf4, TCF4E, Tcf-4, mTcf-4B, mTcf-4E, TCF4B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 55,730,252-55,922,086 bp (+) (GRCm39) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a high mobility group (HMG) box-containing transcription factor that plays a key role in the Wnt signaling pathway. The protein has been implicated in blood glucose homeostasis. Genetic variants of this gene are associated with increased risk of type 2 diabetes. Several transcript variants encoding multiple different isoforms have been found for this gene.[provided by RefSeq, Oct 2010] PHENOTYPE: Animals homozygous for a targeted mutation exhibit intestinal epithelia abnormalities and die shortly after birth. Mice heterozygous for some mutations display abnormalities in glucose homeostasis. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | NCBI RefSeq: NM_001142918 (variant 1), NM_001142919 (variant 2), NM_009333 (variant 3) NM_001142920 (variant 4), NM_001142921 (variant 5), NM_001142922 (variant 6), NM_001142923 (variant 7), NM_001142924 (variant 8)…see NCBI for additional transcript variants; MGI:1202879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000042950 †] [ENSMUSP00000050081 †] [ENSMUSP00000107273 †] [ENSMUSP00000107283 †] [ENSMUSP00000107284 †] [ENSMUSP00000107286 †] [ENSMUSP00000107287 †] [ENSMUSP00000107291 †] [ENSMUSP00000118661 †] † probably from a misspliced transcript | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | no structure available at present | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000042950 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000050081 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107273 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107283 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107284 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107286 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107287 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000107291 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123428 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123428 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123428 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000123428 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118661 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000118661 Gene: ENSMUSG00000024985
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Predicted Effect | probably null | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Meta Mutation Damage Score | 0.9490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Essential (E-score: 1.000) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Recessive | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All Mutations and Alleles(34) : Endonuclease-mediated(3) Gene trapped(15) Targeted(12) Transgenic(4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Recessive | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2019-09-04 9:41 PM by Anne Murray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2017-02-02 10:27 PM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2018-10-25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The banned phenotype was identified among N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-mutagenized G3 mice of the pedigree R4957, some of which showed susceptibility to dextran sodium sulfate (DSS)-induced colitis at 7 (Figure 1) and 10 days (Figure 2) after DSS exposure; weight loss is used to measure DSS susceptibility. |
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Nature of Mutation |
Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 75 mutations. The DSS susceptibility phenotype was linked by continuous variable mapping to a mutation in Tcf7l2: an A to G transition at base pair 55,931,432 (v38) on chromosome 19, or base pair 189,648 in the GenBank genomic region NC_000085 within the acceptor splice site of intron 14. The strongest association was found with a recessive model of linkage to the normalized DSS phenotype at day 10, wherein two variant homozygotes departed phenotypically from five homozygous reference mice and nine heterozygous mice with a P value of 8.976 x 10-6 (Figure 3). The effects of the mutation at the cDNA and protein level have not examined, but the mutation is predicted to result in use of a cryptic site in intron 13. Use of the cryptic splice site would result in a transcript with a 24-base pair insertion of intron 13. The insertion would cause a frame-shifted protein product beginning after amino acid 422 of the protein, and subsequent termination after the inclusion of 148 aberrant amino acids.
Genomic numbering corresponds to NC_000085. The acceptor splice site of intron 14, which is destroyed by the banned mutation, is indicated in blue lettering and the mutated nucleotide is indicated in red. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
TCF7L2 (alternatively, T-cell transcription factor-4 [TCF4]) is a member of the T-cell factor/lymphoid enhancer factor (TCF/LEF) transcription factor family. All of the TCF/LEF proteins share a β-catenin-binding domain, a Groucho (alternatively transducin-like enhancer of split [TLE]) binding sequence, and a high-mobility group (HMG) box that mediates DNA binding (Figure 4). TCF7L2 also has an evolutionarily conserved C-terminal CRARF-type domain putatively involved in TCF7L2 promoter activation, and a CtBP (C-terminal-binding protein)-binding site (1;2). The crystal structure of the human TCF7L2/β-catenin complex has been solved [Figure 5; PDB:1JPW (3)]. The central armadillo repeat-containing region of β-catenin interacts with two sites on TCF7L2. The first site of interaction is an extended region (amino acids 13 to 25), which interacts with β-catenin armadillo repeats 4 through 9. A C-terminal helix of TCF7L2 (amino acids 40 to 50) interacts with armadillo repeats 3 through 5. The mouse and human TCF7L2 genes produce several splice variants. Exons 4, 12, 13, 14, 15, and 16 can be alternatively spliced, leading to the generation of 13 different transcripts (1;4;5). Alternative splicing of exons 12, 13, 13a, and 13b can lead to stop codons in exons 13a, 13b, or 14 resulting in proteins with short, medium, or long reading frames (6). Two splice variants lack the β-catenin-binding domain, and another splice variant lacks the CtBP-binding site. The banned mutation is predicted to cause a frame-shifted protein product beginning after amino acid 433 of the TCF7L2 protein (isoform 3), and subsequent termination after the inclusion of 34 aberrant amino acids. The mutation would putatively affect the CtBP-binding site. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression/Localization | TCF7L2 is ubiquitously expressed, with highest expression in the pancreas, colon, brain, small intestine, monocytes, and lung (2). TCF7L2 is expressed at lower levels in all other tissues examined (2). Little to no expression was detected in activated or resting T and B cells (2). The TCF7L2 splice variants exhibit variable tissue-specific expression. The splice variant lacking the CtBP-binding site is specifically expressed in pancreatic islets, pancreas, and colon (2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Background |
Wnt proteins regulate many stages of development, from patterning of the embryo and generation of tissues and cell types, to regulation of cell movements, polarity, axon guidance and synapse formation (7-9). Defective Wnt signaling plays major roles in diseases such as cancer and osteoporosis (7). The first step in Wnt signaling is binding of ligand to receptor (Figure 6). Wnt receptors include members of the Frizzled (Fzd) family of seven-pass transmembrane receptors (8), as well as LRP5/LRP6/Arrow (10), which function as co-receptors for Frizzled proteins. Multiple studies suggest that Wnt ligands bind to both Frizzled and LRP5 (see the record for r18)/6 receptors and induce a complex formation between Frizzled proteins and LRP5/6 (11;12). Unlike Frizzled receptors, LRP5/6 specifically functions in canonical Wnt signaling. Canonical Wnt signaling relies on the regulation of the stability/abundance of the β-catenin protein that acts as a nuclear co-activator for the TCF/LEF (T-cell factor/Lymphoid enhancer factor) family of transcription factors (13;14). In the absence of Wnt signal, cytosolic β-catenin levels are low due to phosphorylation-dependent ubiquitination and subsequent degradation. β-catenin phosphorylation involves the sequential actions of casein kinase 1 (CK1) and glycogen synthase kinase 3 (GSK3), and takes place in a protein complex assembled by Axin and APC (15). Phosphorylated β-catenin is then recognized and ubiquitinated by a ubiquitin-ligase complex. Inhibition of β-catenin phosphorylation can occur through several mechanisms; degradation of the Axin protein, alteration of the Axin complex, or inhibition of CK1 or GSK3 activity (10). In the absence of β-catenin, TCF/LEF suppresses Wnt-responsive gene expression by recruiting nuclear corepressors. Upon Wnt stimulation, β-catenin phosphorylation and degradation is inhibited, and β-catenin protein is available to associate with TCF/LEF to activate target gene expression. TCF7L2 is one of several TCF family members (i.e., TCF7L2, TCF7, TCF7L1, and LEF-1) that can interact with β-catenin (1). TCF7L2 functions in glucose homeostasis by repressing the proglucagon gene in enteroendocrine cells (16;17). In addition, the TCF7L2/β-catenin pathway can activate the transcription of the PKD1 gene. TCF7L2 also regulates proinsulin synthesis as well as processing (and possibly clearance) of proinsulin and insulin (18). Mutations in TCF7L2 are associated with susceptibility to type 2 diabetes mellitus (OMIM: #125853) (19-22). The risk T-allele rs7903146 is associated with impaired glucose-stimulated insulin secretion, and patients with this allele show elevated plasma proinsulin level and an increased proinsulin-to-insulin ratios (23-25). TCF7L2 regulates adipocyte development and function (26). TCF7L2 silencing blocks adipogenesis by disrupting Wnt signaling (26). TCF7L2 inactivation through deletion of the HMG box results in whole-body glucose intolerance, hepatic insulin resistance, increased subcutaneous adipose tissue mass, adipocyte hypertrophy, and inflammation (26). TCF7L2 promotes oligodendrocyte differentiation during myelin formation and remyelination by an unknown mechanism (27). Mice with conditional knockout of TCF7L2 in oligodendroglial lineage cells showed shorter riding times on the rotarod during a rotarod performance test compared to control mice (27). The conditional knockout mice showed lack of remyelination in the corpus callosum after treatment with cuprizone, while control mice showed almost complete remyelination. Tcf7l2-deficient mice are neonatal lethal at birth (28-31). Tcf7l2-deficient embryos exhibited increased numbers of proliferating cells in the intestine (at embryonic day 13.5), but the number of proliferating cells in the colon was decreased compared to wild-type mice (29). Tcf7l2-deficient embryos also had increased combined volumes of the anterior and intermediate pituitary gland lobes (32). Tcf7l2-deficient mice exhibit fragile intestines, increased necrosis of epithelial cells of the small intestine and colon, reduced birth weights, hypoglycemia, and lack of crypt structures due to necrosis (29;30). Heterozygous mice (Tcf7l2+/-) exhibited reduced body weights, increased circulating glucose levels, reduced circulating insulin levels, and impaired glucose tolerance (31;33). Tcf7l2+/- mice also showed anxiety-like phenotypes in open field and light dark box tests with concomitant reduced distances traveled in the open field (34). The mice also showed enhanced fear learning. Pancreas-specific Tcf7l2-null mice showed impaired glucose tolerance and impaired insulin secretion (35). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | TCF7L2 is expressed along the crypt-villus axis in the small intestine and at high levels in the noncycling cells in the upper colonic crypt (29;36). β-catenin/TCF7L2 controls proliferation versus differentiation in healthy and malignant intestinal epithelial cells through the EphB2/EphB3 (see the record for turtle) and ephrin B1 pathways (37;38). Disruption of β-catenin/TCF7L2 activity in colorectal cancer cells causes G1 arrest and blockade of a genetic program that was physiologically active in the proliferative compartment of colon crypts (37). In some patients with colorectal cancer that have inactivation of the APC gene, beta-catenin accumulates and associates with TCF7L2 to activate TCF7L2-regulated genes (39;40). Mutations in TCF7L2 have been observed in colorectal cancer cell lines (41;42). A VTI1A/TCF7L2 fusion gene has been observed in colorectal cancers (43). Mice with conditional knockout of TCF7L2 in adult intestine showed total absence of proliferative cells in the small intestinal crypt and the colon (44). TCF7L2 is required for the maintenance of the Lgr5+ stem cells in the adult small intestine (44). The phenotype observed in the banned mice indicates loss of TCF7L2-associated function. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer banned_pcr_F: GGCAAATCAGAGTGGACCTG banned_pcr_R: TTGGTCACCAGAGACAGAGG Sequencing Primer banned_seq_F: TCAGAGTGGACCTGGGAGC banned_seq_R: TTCCAGCCAGCGAGTTGTG |
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Genotyping | PCR program 1) 94°C 2:00 The following sequence of 602 nucleotides is amplified (chromosome 19, + strand): 1 ggcaaatcag agtggacctg ggagcctcac agcccaccga agtcactgct tttaattgct Primer binding sites are underlined and the sequencing primers are highlighted; the mutated nucleotide is shown in red. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Emre Turer and Bruce Beutler |