Allele | Jialin | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 102,695,715 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | C ⇒ A (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Cd44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | CD44 antigen | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | Pgp-1, Ly-24, HERMES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 102,641,486-102,732,010 bp (-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] The protein encoded by this gene is a cell-surface glycoprotein involved in cell-cell interactions, cell adhesion and migration. It is a receptor for hyaluronic acid (HA) and can also interact with other ligands, such as osteopontin, collagens, and matrix metalloproteinases (MMPs). This protein participates in a wide variety of cellular functions including lymphocyte activation, recirculation and homing, hematopoiesis, and tumor metastasis. Transcripts for this gene undergo complex alternative splicing that results in many functionally distinct isoforms, however, the full length nature of some of these variants has not been determined. Alternative splicing is the basis for the structural and functional diversity of this protein, and may be related to tumor metastasis. [provided by RefSeq, Jul 2008] PHENOTYPE: Homozygotes for targeted null mutations exhibit impaired T lymphocyte trafficking resulting in muted inflammatory responses, altered myeloid progenitor distribution, reduced growth of tumors, and impaired uterine involution and maintenance of lactation. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | NCBI RefSeq: NM_009851 (variant 1), NM_001039150 (variant 2), NM_001039151 (variant 3), NM_001177785 (variant 4), NM_001177786 (variant 5), NM_001177787 (variant 6); MGI:88338 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Limits of the Critical Region | 102811141 - 102901625 bp | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Glutamic Acid changed to Aspartic acid | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000005218] [ENSMUSP00000062330] [ENSMUSP00000097265] [ENSMUSP00000106821] [ENSMUSP00000106822] [ENSMUSP00000106823] [ENSMUSP00000106825] [ENSMUSP00000106829] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | no structure available at present | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000005218 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | possibly damaging
PolyPhen 2 Score 0.649 (Sensitivity: 0.87; Specificity: 0.91) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000062330 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | probably benign
PolyPhen 2 Score 0.143 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.86) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000097265 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 0.988 (Sensitivity: 0.73; Specificity: 0.96) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000106821 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | probably benign
PolyPhen 2 Score 0.288 (Sensitivity: 0.91; Specificity: 0.88) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000106822 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | possibly damaging
PolyPhen 2 Score 0.458 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000106823 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | probably benign
PolyPhen 2 Score 0.419 (Sensitivity: 0.89; Specificity: 0.90) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000106825 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | possibly damaging
PolyPhen 2 Score 0.927 (Sensitivity: 0.81; Specificity: 0.94) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000106829 Gene: ENSMUSG00000005087 AA Change: E52D
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Predicted Effect | probably benign
PolyPhen 2 Score 0.143 (Sensitivity: 0.92; Specificity: 0.86) |
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Meta Mutation Damage Score | 0.8609 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Probably nonessential (E-score: 0.200) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Dominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All Mutations and Alleles(16) : Chemically induced(other)(1) Radiation induced(1) Targeted(13) Transgenic(1) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Dominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Live Mice | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2019-09-04 9:40 PM by Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2017-03-12 12:12 PM by Xue Zhong | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2018-09-18 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The Jialin phenotype was identified among N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-mutagenized G3 mice of the pedigree R5118, some of which showed reduced frequencies of CD44+ T cells (Figure 1), CD44+ CD4 T cells (Figure 2), CD44+ CD8 T cells (Figure 3), central memory CD4 T cells in CD4 T cells (Figure 4), effector memory CD4 T cells in CD4 T cells (Figure 5), and central memory CD8 T cells in CD8 T cells (Figure 6). Some mice showed reduced expression of CD44 on T cells (Figure 7), CD4 T cells (Figure 8), and CD8 T cells (Figure 9), all in the peripheral blood. |
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Nature of Mutation |
Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 52 mutations. All of the above anomalies were linked to a mutation in Cd44: a G to T transversion at base pair 102,865,370 (v38) on chromosome 2, or base pair 36,300 in the GenBank genomic region NC_000068 encoding Cd44. The strongest association was found with a dominant model of inheritance to the reduced frequency of CD44+ CD8 T cells, wherein seven variant homozygotes and 44 heterozygous mice departed phenotypically from 24 homozygous reference mice with a P value of 2.515 x 10-16 (Figure 10). The mutation corresponds to residue 475 in the mRNA sequence NM_009851 within exon 2 of 19 total exons.
The mutated nucleotide is indicated in red. The mutation results in a glutamic acid (E) to aspartic acid (D) substitution at position 52 (E52D) in the CD44 protein, and is strongly predicted by PolyPhen-2 to be damaging (score = 0.649). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
The Cd44 gene encodes CD44 (alternatively, Pgp-1 [P-glycoprotein 1]), a type I membrane glycoprotein and member of the cell adhesion molecule superfamily (Figure 11). The N-terminal extracellular domain of CD44 mediates interactions with the external microenvironment and senses stimuli. The extracellular domain contains a hyaluronic acid (HA)-binding “link” domain at residues 34 to 123. HA is a glycosaminoglycan and component of the extracellular matrix. CD44 has chondroitin- and heparin-like glycosaminoglycan binding sites that recognize the α5 chain of laminin (1). The CD44 chondroitin sulfate binding site also binds type IV collagen [see the record for aoba] (2) and fibronectin (3). A stem structure separates the N-terminal globular domain from the plasma membrane and contains putative proteolytic cleavage sites (4). The transmembrane domain of CD44 mediates interactions with cofactors and adaptor proteins, directs lymphocyte homing, and putatively mediates CD44 association with lipid rafts (5;6). The CD44 intracellular tail binds with cytoskeletal elements (e.g., ankyrin, ERM [ezrin/radixin/moesin], and Merlin), signaling molecules (e.g., Src, Lck [see the record for iconoclast], Fyn, and Lyn [see the record for Lemon]), and activators of small Rho GTPases [reviewed in (7)]. The CD44 intracellular domain can be sequentially proteolytically cleaved by MT1-MMP (membrane type 1 matrix metalloprotease) and presenilin-1/γ (see the record for hiortron). The cleaved peptide (CD44-ICD) translocates to the nucleus to activate the transcription of several genes (8). CD44 cleavage also allows the release of cells bound to HA. Protein kinase C-mediated CD44 phosphorylation at Ser291 and Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase II-mediated CD44 phosphorylation at Ser325 increases ERM binding to CD44 (9). Ankyrin binding is also phosphorylation-dependent. Cd44 encodes multiple isoforms due to insertion of alternative exons (exons 6 [variant 1; v1] to 15 [variant 10; v10]) (10). The isoforms differ within the extracellular domain. Exons 1 through 5, exon 17 (encoding the transmembrane domain), and exons 18 and 19 (encoding the intracellular domain) are consistent among all of the isoforms (11). The Jialin mutation results in a glutamic acid (E) to aspartic acid (D) substitution at position 52 (E52D); Glu52 is within the link domain. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression/Localization | Canonical CD44 is ubiquitously expressed. CD44 variants are expressed on a selection of epithelial cells, keratinocytes, and macrophages (12). CD44v5 is expressed on activated T cells, CD44v6 is expressed in proliferative tissues (e.g., skin and crypts of the intestine), CD44v4-7 is expressed in rat pancreatic carcinoma, CD44v4-10 is expressed on Igr5+ intestinal stem cells, CD44v6-10 and CD44v8-10 are expressed on some epithelial cells, and CD44v1-10, CD44v2-10, and CD44v3-10 are expressed on keratinocytes [reviewed in (7;13)]. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Background |
CD44 is a receptor that functions in HA metabolism, hematopoiesis, limb development, wound healing, inflammation, matrix adhesion, lymphocyte activation, cytokine and growth factor release, lymph node homing, cancer cell metastasis, and angiogenesis (14). CD44 is the main cell surface receptor for HA (Figure 12) (14). HA binding to CD44 is required for the homing of leukemic cells in the bone marrow, neutrophil and monocyte/macrophage recruitment to sites of inflammation, quiescence and stemness regulation of acute myeloid leukemia cells, and chronic lymphocytic leukemia cell proliferation [(15-18); reviewed in (19)]. CD44 binding to HA also promotes the uptake and degradation of HA (20). CD44 also binds other ligands, including osteopontin (OPN) (21), laminin (1), collagen (2), fibronectin (3), growth factors, cytokines, and matrix metalloproteinases (MMPs) [reviewed in (7;22)]. OPN-CD44 signaling promotes prostate cancer growth and progression (23) as well as cell migration out of the bloodstream to sites of inflammation (24). MMP9-CD44 association promotes MMP9 localization on the cell surface in tumor cells (25). Interaction between CD44 and a proteolytic form of MMP9 promotes the invasion of prostate cancer cells by causing the degradation of collagen IV, growth factor activation, survival mechanisms, latent TGFβ activation, and angiogenesis. CD44 functions as a co-receptor for receptor tyrosine kinases (e.g., HGFR, MST1R, EGFR [see the record for Velvet], PDGFR, FGFR [see the record for Modest], and VEGFR [see the record for flywheels]) (13), CXCR4 (26), and LRP6 (27). HA binding to CD44 increases CXCR4-associated signaling to promote angiogenesis (26). CD44v6 promotes signaling downstream of receptor tyrosine kinases by driving receptor activation and by recruiting ERM proteins and the cytoskeleton to promote receptor signaling (13;28;29). LRP6 recruitment of CD44 promotes β-catenin activation and translocation to the nucleus (27). Expression of the alternative CD44 isoforms has been detected in several human pathologies, including pancreatic cancer (CD44v8-10) (30), cervical cancer (CD44v6), colorectal cancer (CD44v6) (31), and head and neck squamous carcinoma (32;33). Expression of the alternative isoforms correlates with poor prognosis and metastatic potential (34-37). Expression of CD44v5, CD44v6, and CD44v10 have been detected in the synovial fluid and serum in patients with rheumatoid arthritis (38;39). CD44v6 and CD44v7 expression are associated with colonic inflammation and increased severity of inflammatory bowel disease (40-42). CD44-deficient (Cd44-/-) mice exhibited impaired T lymphocyte trafficking resulting in muted inflammatory responses, altered myeloid progenitor distribution, reduced growth of tumors, and impaired uterine involution and maintenance of lactation (43-47). The Cd44-/- mice exhibited reduced mast cell numbers and histamine content in the peritoneal cavities and ear tissues (48) as well as thinning of the epidermis and delayed early barrier recovery after acute barrier disruption (49). Mice deficient in CD44v7 exhibited reduced susceptibility to experimental autoimmune encephalomyelitis (50), but exhibited persistent inflammation after exposure to trinitrobenzene sulfonic acid (experimental model of colitis) (51). The CD44v7 null mice also exhibited downregulation of Th1-type cytokines with concomitant upregulation of Th2 cytokines (51). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | The phenotypes observed in the Jialin mice indicate loss of CD44Jialin function in hematopoiesis and T lymphocyte trafficking. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer Jialin_pcr_F: CTTATTCAACTGTCAGGGAGGAG Jialin_pcr_R: GCATGTTTGGCTTCTCCCAATG Sequencing Primer Jialin_seq_F: GAGGAGCCTTCCAGCCATAAG Jialin_seq_R: CCCAATGCCCCATCTGG |
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Genotyping | PCR program 1) 94°C 2:00 The following sequence of 402 nucleotides is amplified (chromosome 2, - strand): 1 gcatgtttgg cttctcccaa tgccccatct ggcgtggttt tttttttttt tttttttaag Primer binding sites are underlined and the sequencing primers are highlighted; the mutated nucleotide is shown in red. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Xue Zhong, Aijie Liu, and Bruce Beutler |