Allele | Mr_magoo | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 98,526,745 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | A ⇒ G (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Gsdma3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | gasdermin A3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | Dfl, Bsk, Rim3, Gsdm3, Gsdm1l, Fgn, Rco2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 98,517,186-98,529,052 bp (+) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype | PHENOTYPE: Mutations of this gene affect normal development of the hair follicle, resulting in abnormal coats. Some alleles are associated with corneal opacity and/or microphthalmia. For one allele, high rates of mutation are observed in the MHC that appear to be associated with intra-MHC recombination. [provided by MGI curators] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Accession Number | NCBI RefSeq: NM_001007461; MGI:3044668 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Tyrosine changed to Cysteine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | predicted gene model for protein(s): [ENSMUSP00000073022] [ENSMUSP00000103132] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q5Y4Y6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000073022 Gene: ENSMUSG00000064224 AA Change: Y344C
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000103132 Gene: ENSMUSG00000064224 AA Change: Y335C
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 1.000 (Sensitivity: 0.00; Specificity: 1.00) |
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Meta Mutation Damage Score | 0.9115 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Probably nonessential (E-score: 0.094) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Dominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | All alleles(11) : Targeted(3) Spontaneous(3) Chemically induced(5) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Dominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Live Mice | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MMRRC Submission | 037421-MU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2016-05-13 3:09 PM by Stephen Lyon | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | 2013-04-10 4:28 PM by Adam Dismang | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2014-05-30 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
The Mr.Magoo phenotype was identified in G1 mice derived from N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-mutagenized C57BL/6J stock. Adult Mr.Magoo homozygous mice exhibit progressive hair loss as well as variable dry skin, dermatitis, and excoriation (Figure 1). The corneas of Mr.Magoo mice are opaque. |
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Nature of Mutation | Whole exome HiSeq sequencing of the G1 grandsire identified 106 mutations. Fifteen G3 mice with the Mr.Magoo phenotype were sequenced at all 106 mutation sites. Of the 15 affected mice, all were heterozygous for a mutation in Gsdma3. Analysis of eight unaffected mice determined that eight were wild-type for the Gsdma3 mutation (-log10[p(non-linkage)] = 6.697; binary variable linkage analysis based on dominant inheritance). Taken together, these results indicate an autosomal dominant or semidominant inheritance pattern for the Mr.Magoo phenotype. The Mr.Magoo mutation is an A to G transition at base pair 98,635,919 on chromosome 11, or base pair 9,560 in the GenBank genomic region NC_000077 encoding Gsdma3. The mutation corresponds to base pair 1,113 in the NM_001007461 mRNA transcript in exon 9 of 11 total exons. 1097 ATGGATGCCATCCTCTACTTCCTCGGGGCTCTG 339 -M--D--A--I--L--Y--F--L--G--A--L- The mutated nucleotide is indicated in red lettering, and results in a tyrosine (Y) to cysteine (C) substitution at amino acid 344 in the gasderminA3 (GSDMA3) protein. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
The GSDMA3 protein is a member of the gasdermin family of proteins. The Mr.Magoo mutation results in the substitution of a cysteine for a tyrosine at amino acid 344 (Y344C) of GSDMA3, in the seventh of nine conserved leucine-rich domains preceding the third coiled-coil domain (Figure 2). See the record Michelin for more information about Gsdma3. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Mechanism | Mutations in Gsdma3 have been documented to result in epithelial hyperproliferation, increased and inappropriate expression of keratins (e.g., keratin 10; see the record for Rough-fur), loss of hair follicle-associated sebaceous glands, deranged hair cycling, and hair follicle degeneration resulting in hair loss and thickened, wrinkled skin; most mutations also caused corneal opacities (1-5). Gsdma3 mutant mice generally exhibit an abnormal catagen resulting in progressive loss of hair follicles (1;2); however, one model, Rim3 (MGI:1861663; A348T), displayed an abnormal anagen phase (3). Examination of hair follicles in older mutants of several of the models determined that they were abnormally large either due to abnormal anagen or failure to regress during catagen (1;3;5). Gsdma3Ae [Ae (alopecia & excoriation); MGI:4849547] is an ENU-induced mutation that results in the substitution of histidine for tyrosine 344 (Tyr344His) (6;7). Similar to Mr.Magoo, heterozygous Ae mice exhibit progressive hair loss from the head to the whole back and severe skin inflammation as well as severe excoriation and erosion of the dermis (6;7). Characterization of this model determined that the anchoring of the hair shaft in the hair follicle was defective, that the hair structures were abnormal, and there were reduced hair keratins (6). Li et al. propose that GSDMA3 functions upstream of, or in parallel with, the Msx2/Foxn1/acidic hair keratin cascade during hair follicle differentiation (see duke for more information about Msx2) (6). | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Primers |
PCR Primer Mr_magoo_pcr_F: ACTGTGTGCCAAGTGCTAGGTTAGA Mr_magoo_pcr_R: TCCTGGATTAAACTCAGGTCCTTGTGT |
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Genotyping | Mr.Magoo genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the single nucleotide transition. PCR Primers Mr.Magoo(F): 5’- ACTGTGTGCCAAGTGCTAGGTTAGA-3’ Mr.Magoo(R): 5’- TCCTGGATTAAACTCAGGTCCTTGTGT-3’ Sequencing Primer Mr.Magoo_seq(F): 5’- CAAGTGCTAGGTTAGACCTTCAC-3’ PCR program 1) 94°C 2:00 2) 94°C 0:30 3) 55°C 0:30 4) 72°C 1:00 5) repeat steps (2-4) 40X 6) 72°C 10:00 7) 4°C ∞ The following sequence of 619 nucleotides (from Genbank genomic region NC_000077 for linear DNA sequence of Gsdma3) is amplified: 9361 actgtgtgc caagtgctag 9421 gttagacctt caccgcaagt attagtcacc cagttttcct cacagcttga aggggcttta 9481 gacaagggtc agaaagtgac cctggaagca ctccccaaag atgtcctgct gtcaaaggac 9541 gctatggatg ccatcctcta cttcctcggg gctctgacag gtgagtgaga agtgagtcag 9601 acgagtttct ttctgttata agagtaaatc gtgtgaatga ttcccaaatg aatgaatgag 9661 tggattccag atggcttata tgcaatagtg tgtgtgtatg tatacatgtg tatatatata 9721 tgtacgtgta tgtatatatg tgtatgtata catatgtatg tgtatgtata tatatatatg 9781 tgtgtgtgtg tgaatatgta tgtgtatgta catataggtg tgtatgtata tatgtgtaca 9841 tatatatgtg tatgtgtgta tacatatgta tgtgtatgta tatgtgtgtg tatatatgta 9901 tgtgtatgta tatatgtata tatatacata tacgtgtgtg tgtgtgtgtg tgtgtgtgtg 9961 tgtgtgtgct ttcgtgtgtg tgtgtgtata catacacaag gacctgagtt taatccagga Primer binding sites are underlined and the sequencing primer is highlighted; the mutated nucleotide is shown in red text. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Anne Murray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Peter Jurek | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Adam Dismang |