Allele | Sinuous | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mutation Type | missense | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosome | 11 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinate | 99,213,456 bp (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Base Change | A ⇒ G (forward strand) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene | Krt25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Name | keratin 25 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonym(s) | 4631426H08Rik, mIRSa1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Chromosomal Location | 99,206,342-99,213,777 bp (-) (GRCm39) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MGI Phenotype |
FUNCTION: [Summary is not available for the mouse gene. This summary is for the human ortholog.] This gene encodes a member of the type I (acidic) keratin family, which belongs to the superfamily of intermediate filament (IF) proteins. Keratins are heteropolymeric structural proteins which form the intermediate filament. These filaments, along with actin microfilaments and microtubules, compose the cytoskeleton of epithelial cells. The type I keratin genes are clustered in a region of chromosome 17q12-q21. [provided by RefSeq, Jul 2009] PHENOTYPE: Mutations in this gene have a defect in hair formation resulting in a wavy coat and curly vibrissae. Some alleles may compromise normal growth. [provided by MGI curators] |
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Accession Number | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mapped | Yes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Amino Acid Change | Serine changed to Proline | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Institutional Source | Beutler Lab | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene Model | not available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlphaFold | Q8VCW2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SMART Domains |
Protein: ENSMUSP00000048439 Gene: ENSMUSG00000035831 AA Change: S88P
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Predicted Effect | probably damaging
PolyPhen 2 Score 0.992 (Sensitivity: 0.70; Specificity: 0.97) |
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Meta Mutation Damage Score | Not available | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Is this an essential gene? | Probably nonessential (E-score: 0.090) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Category | Autosomal Dominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Candidate Explorer Status | loading ... | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Single pedigree Linkage Analysis Data |
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Penetrance | 100% | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Alleles Listed at MGI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Lab Alleles |
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Mode of Inheritance | Autosomal Dominant | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Local Stock | Sperm, gDNA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Repository | none | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Last Updated | 2016-05-13 3:09 PM by Stephen Lyon | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Created | unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Record Posted | 2008-08-07 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phenotypic Description |
Sinuous was identified in N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-induced G1 mutant mice. Sinuous heterozygotes animals have wavy fur up to weaning age (3 weeks old). After weaning age, Sinuous animals appear normal.
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Nature of Mutation |
The Sinuous mutation was mapped to Chromosome 11, and corresponds to a T to C transition at position 312 of the Krt25 transcript, in exon 9 of 10 total exons.
297 AATGACCGCCTGGCCTCCTACCTGGACAACGTG
83 -N--D--R--L--A--S--Y--L--D--N--V-
The mutated nucleotide is indicated in red lettering, and causes a serine to proline substitution at residue 88 of the Keratin 25 protein.
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Illustration of Mutations in Gene & Protein |
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Protein Prediction |
For additional information on Krt25, please see the record for Plush.
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Putative Mechanism |
The Sinuous mutation alters a well-conserved amino acid in the HIM of the K25 protein. As this domain is critical for heterodimerization of keratin molecules, it is likely that the Sinuous mutation disrupts the proper formation of IF assembly resulting in the hair phenotypes seen in mutant animals. The Sinuous mutation results in the substitution of a serine to a proline. Proline residues are not typically found in the α-helical rod domains of normal keratin proteins, and they are known to destabilize α helices. The presence of a proline at amino acid 88 is likely to disrupt the formation of the coiled-coils and the subsequent assembly of individual keratin subunits into IFs (1).
The amino acid altered in Sinuous mutants is close to the amino acid mutated in Plush mutant animals. Sinuous mutants resemble Plush mutants, as well as the allelic classical wavy coat mutant Re (2), up until weaning age. The mechanism for the phenotypic differences observed in Plush and Sinuous animals is unknown.
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Primers | Primers cannot be located by automatic search. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genotyping |
Sinuous genotyping is performed by amplifying the region containing the mutation using PCR, followed by sequencing of the amplified region to detect the single nucleotide change. The primers used are the same used for Plush genotyping.
Primers for PCR amplification
Plush(F): 5’- CATCCAATTACGTTAACTTGCTGAGGC -3’
Plush(R): 5’- CAGCCAAGGGCATGTTTAACATGAAG -3’
PCR program
1) 94°C 2:00
2) 94°C 0:30
3) 56°C 0:30
4) 72°C 1:00
5) repeat steps (2-4) 29X
6) 72°C 7:00
7) 4°C ∞
Primers for sequencing
Plush_seq(F): 5’- TTCGGAGCTGGAAATGCATG -3'
Plush_seq(R): 5’- CTACTGTAGTCATGATCGAGACC -3’
The following sequence of 1044 nucleotides (from Genbank genomic region NC_000077 for linear DNA sequence of Krt25 plus 127 additional nucleotides taken from NCBI m37 mouse assembly Chromosome 11: 99177158:99184400) is amplified:
-121 ttacgttaac ttgctgaggc tggcaagcca ggctttaccc tatgtaggca gaatttcata -61 gaacaccctt gagaatcgtc tataaaaggg caaacaaaac catcggggtt agaaggcact 1 ctagtctgac tctcaagaac acagttcagc gacacgcttg ccctgagatc atgtctcttc 61 gcctttccag tggatccagg aggtcctatg ctcgccccag cacagggtcg ctcaggggag 121 ccagcttcgg agctggaaat gcatgtggcg tggcaggcat tggaagtggc ttctcctgcg 181 ccttcggggg cagctccaca ggaggaaaca cgggggtggc caactcctgt gctggcttca 241 ctgtgaatga gggggggctc ctctccggca atgagaaggt gaccatgcag aaccttaatg 301 accgcctggc ctcctacctg gacaacgtgc aagcgctgca ggaggccaac gctgacctgg 361 agcagaagat caagggctgg tatgaaaaat ttggacctgg gtcgtgccgc ggtctcgatc 421 atgactacag tagatacttc cccatcattg atgatctaaa aaaccaggta agaaagtata 481 tttttgcacg tcacatgtat gtagtttact atctaaatgt cctttttact gaaaaaaaaa 541 aaaagcatgc tacatgatta ctagtggtat ttttaagggc atttaagggc attggaaata 601 atcatgaagt agattcaagt atttaacttc atgttaaaca tgcccttggc tg PCR primer binding sites are underlined; sequencing primer binding sites are highlighted in gray; the mutated T is shown in red text. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
References | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Science Writers | Nora G. Smart | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Illustrators | Diantha La Vine | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Authors | Amanda L. Blasius, Bruce Beutler |